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  • 简介:比较不同MHC-Ⅱ抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据。在众多HLA-Ⅱ抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101,0301,0401,0701,1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链。使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣。综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高。可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ分子抗原表位预测。不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要。

  • 标签: MHC-Ⅱ 表位预测 临界值 软件 比对
  • 简介:对肿瘤样本进行准确的分型识别是有效治疗肿瘤的前提。首先,利用方差滤波方法选择肿瘤表达谱中具有最大方差的部分基因作为识别特征集,然后,利用支持向量聚对肿瘤表达谱进行分型识别。针对多类型样本情况和支持向量聚中出现的孤立点聚问题,分别提出了有效的解决办法。对两个肿瘤表达谱数据的测试结果显示,基于支持向量聚的方法能够准确地对肿瘤样本进行分型识别,同时能够自动发现肿瘤样本真实的亚型数量。

  • 标签: 肿瘤 亚型 分型识别 支持向量聚类 基因芯片表达谱