简介:摘要大数据科技的发展极大推动了各个领域的发展。目前在生物领域,大数据已经成为研究必不可少的工具。随着测序技术的飞速发展,积累了越来越多的大数据,目前较缺乏的是对庞大数据进行分析挖掘。生物信息学中有许多工具及方法可以很好的分析生物大数据,其中聚类是现如今深入挖掘生物大数据的一种非常好的分析方法,目前生物大数据想要快速的发展需实现全球的开发与共享,这样利于资源的整合及快速发展。本文通过对生物大数据的可视化的分析及聚类方法的应用情况等,最后介绍了生物大数据的开放与共享的现状。期待生物大数据可以得到更好的挖掘和分析,以更好的促进生物学的快速发展。
简介:摘要SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV等冠状病毒均能导致人类严重呼吸道疾病,给世界各国公共卫生和临床救治带来巨大困难和挑战,也对病毒致病机制的解析、抗病毒药物和疫苗的研发提出了迫切需求。合成生物学作为一门新兴学科,具有合成快速、基因构建准确和容易获取突变等特点。因此,合成生物学方法和技术也正被用于冠状病毒的研究,以加速致病机制的解析以及相关药物和疫苗的研发。但是由于某些冠状病毒本身具有高致病性和强传染性等特点,以及合成生物学本身的不确定性和复杂性,基于合成生物学方法研究冠状病毒可能产生新的生物安全隐患。建议基于合成生物学方法研究冠状病毒应加强其生物安全风险评估、制定研究规范、强化审批以及加强监督和管理,以确保此类研究的生物安全从而尽可能规避风险,发挥此类研究的优势。
简介:摘要目的掌握我国病原微生物菌(毒)种保藏中心的运行管理现状,分析问题并提出相应对策建议,为做好全国保藏工作提供技术支撑。方法以调查问卷的方式对国家卫生健康委指定的各级各类保藏中心进行普查。结果保藏中心所在单位是公益一类的占78.6%(11/14),公益二类的占21.4%(3/14),保藏中心所在单位内以独立部门形式管理的占28.6%(4/14),以非独立部门形式管理的占71.4%(10/14);保藏中心年平均经费共1 708.15万,平均122万/家;保藏中心编制的四级病原微生物管理文件体系中,管理手册占32.3%(219/678)、程序文件占10.5%(71/678)、标准操作程序占29.5%(200/678)、记录表格占27.7%(188/678);现有工作人员共216人,兼职人员占70.8%(153/216),专职人员占29.2%(63/216)。保藏中心对外共享服务对象中科研机构占56.6%(60/106);共享方式中合作研究共享占92.9%(13/14),公益性共享占57.1%(8/14);共享协议中规定材料衍生物及数据所有权的占84.6%(11/13)、预设纠纷解决方案的占84.6%(11/13)、约定收益共享比例的占69.2%(9/13)。结论我国病原微生物菌(毒)种保藏中心整体运行良好,并积极发挥了共享资源的支撑作用。在国家生物安全战略需求下,建议进一步加强保藏中心独立性和专业性能力建设,不断提高资源共享的多元性和规范性,促进我国保藏中心的健康可持续发展。
简介:摘要胰腺癌作为目前最致命的人类肿瘤类型,其生物学上的侵袭性、早期发现策略的空白和有效治疗手段的缺乏是导致胰腺癌生存率低的主要原因。深入了解胰腺癌的发生发展机制,早期诊断胰腺癌,有效预测胰腺癌的复发及预后,探索关键的治疗靶点是新时代胰腺癌研究的重中之重。大规模的基因组研究对了解胰腺癌关键驱动基因奠定了一定的基础。在后基因组时代,通过对胰腺癌患者的肿瘤组织和体液进行蛋白测序,将逐渐开创一个精准诊治胰腺癌的新时代。目前全球范围以胰腺外科为主的胰腺癌多学科诊疗(MDT)医疗团队利用癌症基因组图谱(TCGA)、高通量基因表达数据库(GEO)、国际癌症基因组联盟(ICGC)等大规模公开数据库,结合各中心小规模测序数据,逐渐揭开胰腺癌在不同生物过程中的核心肿瘤标志物,进而为临床转化治疗提供理论基础及指导。
简介:摘要新生儿急性肾损伤(AKI)是指由于各种原因引起的肾功能在短时间内受到损害,新生儿呈现血容量减少性休克、缺氧、低体温等多种病理状态,血清肌酐水平急性和可逆性增高,伴或不伴尿量减少,水和电解质紊乱、酸碱失衡和代谢废物堆积。AKI表现隐匿,该病新生儿易被临床漏诊。由于AKI新生儿特殊的病理生理特点,使其与成年人AKI患者差异较大,目前临床不断改进的成年人AKI诊断标准,并不适用于临床诊断新生儿AKI。因此,临床需要新型肾损伤生物标志物,对新生儿AKI进行早期预测和诊断。目前可反映肾小管及肾小球损伤,有助于新生儿AKI诊断的新型生物标志物包括:胱抑素C(Cys-C)、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)、肾脏损伤分子(KIM)-1、β2微球蛋白(β2-MG)、α1微球蛋白(α1-MG)、N-乙酰-β-D氨基葡萄糖苷酶(NAG)、肝型脂肪酸结合蛋白(L-FABP)、神经轴突导向因子(Netrin)-1、表皮生长因子(EGF)、白细胞介素(IL)-18、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)及β-微量蛋白(BTP)等。在众多预测新生儿AKI的新型生物标志物中,应用相对较多及预测效果较佳的生物标志物是尿、血清Cys-C,尿、血清NGAL和尿KIM-1等,在对AKI新生儿进行早期预测、辅助诊断等方面,均优于血清肌酐及尿量检测。但是,上述新型生病标志物的"正常值"大多受新生儿出生胎龄、体重及其检测时日龄与是否合并全身感染等多种因素影响。这些因素均可降低其预测新生儿AKI的敏感度和特异度。联合检测多种生物标志物预测新生儿AKI,虽然降低了预测特异度,但是可以提高预测敏感度。
简介:摘要随着疾病发生的关键机制不断被揭示,以及现代生物制药技术的迅猛发展,越来越多的生物创新药获批上市。近年来生物创新药临床应用大大增加,但不良反应报道也逐步增多,因此构建生物创新药安全使用监管标准与体系的意义重大且临床需求迫切。当前阻碍生物创新药临床安全监管的主要问题,一是药物不良反应产生的机制不清,缺少预测相关不良反应的特异性检测指标;二是体内药物"暴露量-临床疗效-毒副反应"三者间关系研究程度不足,难以支撑安全用药"量与毒"规则的建立;三是缺乏符合中国人生理和病理特点的临床研究证据,新药临床研究理想化的随机对照试验结果不足以支撑真实世界安全用药。因此,必须加强生物创新药安全使用的监管意识,加快该类药物临床监测研究进程,揭示出更多临床安全用药的科学证据,助力生物创新药安全使用监管标准与体系的构建。
简介:摘要生物信息学是随着生命科学和信息学发展而产生的交叉学科,其主要研究的是基因和蛋白质的表达及其潜在关系。近年来眼科领域的学者们与时俱进,借助基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等平台,将生物信息学的研究方法引入眼底疾病研究中,包括遗传易感基因的筛查、诊断标志物的甄别以及发病机制的探索在内的诸多方面,取得了一系列喜人的研究成果。基因组学具有高效准确的特点,在视网膜母细胞瘤和视网膜色素变性研究中用于检测新的突变位点,有助于进一步完善视网膜遗传性疾病的发病机制。转录组学、蛋白质组学和代谢组学具有高通量的特点,用于分析眼内液或离体细胞在疾病状态下RNA、蛋白质和代谢物表达谱的变化,可用于筛选生物标志物和进一步阐明发病机制。随着技术的进步,生物信息学方法将为眼底疾病的研究提供全新的思路。