简介:摘要目的开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究(GWAS)的R脚本。方法参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法,2名程序员共同撰写R脚本(gwasfilter.R)后,由他人多次对脚本进行测试。结果采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数,可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时,程序用时不超过1秒。结论gwasfilter.R操作简便,筛选过程高效而标准化,可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址:https://github.com/lab319/gwas_filter。
简介:摘要目的在Eclipse计划系统中实现放疗剂量交互式表格评估和适形指数(CI)、均匀性指数(HI)的自动计算。方法使用Eclipse Scripting API (ESAPI)应用程序开发接口和C#编程语言,以脚本插件结合独立程序的方式进行开发。通过可视化界面编程和调用API中相关剂量查询函数实现了交互式表格剂量评估和HI自动计算,并通过调用API中关于剂量结构创建和结构布尔操作等函数实现CI自动计算。结果选取15例鼻咽癌放疗病例,分别使用本方法和Eclipse系统自带的模块进行剂量评估结果对比,结果显示两种方式评估结果的精度一致(P>0.05),但前者评估效率更高(P<0.05)。结论本文中的交互式评估表格界面友好,能够让用户较便捷地进行剂量评估、多计划对比和CI、HI计算,有效提高了工作效率,可以更好服务于放疗临床和科研工作。