简介：摘要目的对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease，HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定，并对其基因特征进行分析。方法对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定，通过与人类肠道病毒比较，对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV－A2)，命名为CoV-A2 SD17-430，系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高，在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论与原始毒株相比，CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异，其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测，以便进一步了解其病原谱变化，为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。

简介：摘要手足口病(hand，foot and mouth disease，HFMD)是我国5岁以下儿童常见的丙类传染病，由多种肠道病毒引起。近年研究发现柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10，CVA10)逐渐成为HFMD主要病原体之一，其感染呈上升趋势，与肠道病毒71型(enterovirus 71，EV71)、柯萨奇A组16型(coxsackievirus A16，CVA16)、柯萨奇A组6型(coxsackievirus A6，CVA6)呈共循环流行。CVA10细胞受体为含环状结构跨膜蛋白1(recombinant kringle containing transmembrane protein 1，KRM1)，特异性中和抗体命名为2G8，相关动物模型中的疫苗主要为灭活疫苗及病毒样颗粒疫苗。该文就CVA10的细胞受体、中和抗体、疫苗与动物模型研究等方面做出阐述，为HFMD的防控提供一定思路。

简介：摘要目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测，并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析，为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》，对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理，提取病毒RNA后，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别，再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列，Mega5.2软件构建基因进化树，分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本，两地皆以A组肠道病毒为主，B组肠道病毒有少量报告，CVA16居病原谱第一位。其中CVA2 5份，检出率为0.67%(5/749)，为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明，昆明市3株为基因型A，曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%，CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明，两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

简介：摘要目的研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例，以1~2岁幼儿(28/35)为主，男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示，福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型，即C1和D1基因亚型，仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型，其余27株为D1基因亚型。其中，4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支，另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7 393~7 402bp之间，VP1区核苷酸序列与CV-A2原型株相似性为80.3%~81.7%，其他各片段与CV-A2原型株相似性72.7%~86.2%。P2区进化树显示6株分离株与柯萨奇病毒A4型(coxackievirus A4, CV-A4)进化距离较近。P3区进化树显示，2011FJFZ027与柯萨奇病毒A6型(coxackievirus A6, CV-A6)分离株、2012FJQZ311与柯萨奇病毒A14型(coxackievirus A14, CV-A14)分离株、2020FJPTN040与柯萨奇病毒A8型(coxackievirus A8, CV-A8)分离株进化距离近。重组分析显示，分离株2011FJFZ027、2012FJQZ311、2020FJPTN040在非结构蛋白区分别可能与CV-A6(GenBank登录号：KR706309)、CV-A14(GenBank登录号：KP036482)、CV-A8(GenBank登录号：KM609475、MT648786)流行株发生重组。结论2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2流行强度呈现散发形式，D1基因亚型CV-A2在福建省内持续流行，从2011—2012年以D1基因亚型cluster 1分支为主转变为2012年以后的D1基因亚型cluster 2分支；福建省CV-A2流行株重组频繁，存在多种重组模式。

简介：摘要柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CA6)是引起疱疹性咽峡炎及手足口病(hand-foot-mouth disease, HFMD)的主要病毒之一，临床症状包括广泛性皮疹、迟发性脱皮、脱甲症等。近年来，CA6感染已成为成人HFMD的主要原因。目前尚无有效治疗CA6感染的药物，但随着关注度的不断提高，相关流行病学和疫苗等方面的研究取得了一定的进展，这些成果将在HFMD的预防和控制中发挥重要作用。此文就CA6的病原学、分子流行病学、临床特征及疫苗相关的研究进行综述。

简介：摘要手足口病(hand，foot and mouth disease，HFMD)系指由肠道病毒所致的传染病，其中柯萨奇病毒A16(coxsackievirus A16，CA16)和肠道病毒71(enterovirus 71，EV71)最常见。近年来，有研究发现HFMD的肠道病毒病原谱发生了改变，柯萨奇病毒A6(coxsackievirus A6，CoxA6)新谱系逐渐成为优势株，在欧洲、亚太地区及北美爆发流行。CoxA6相关HFMD的爆发流行对HFMD的防控提出了新的挑战。因此，该文对CoxA6的病原学、流行病学、临床特征、实验室诊断、预防措施及疫苗研究等作一综述，分析了HFMD相关CoxA6菌株的基因型与亚型，以期为HFMD的防控提供新的线索。

简介：摘要目的了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养，通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株，进一步对其VP1区进行序列测定，并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株，共同构建系统进化树，分析CV-A12的VP1区基因特征。结果获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp)，与2018年的云南参考株毒株同源性最高，其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。

简介：摘要目的制备抗柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A2，CV-A2)单克隆抗体(单抗)，建立CV-A2抗原检测方法。方法用纯化后的CV-A2全病毒颗粒免疫小鼠，筛选获得抗CV-A2单抗。建立CV-A2抗原检测方法，确定线性范围，对其准确度、精密度、稳定性、专属性进行验证。用ELISA检测病毒颗粒纯化过程中样品的抗原含量。结果制备了高效价的抗CV-A2单抗并建立ELISA抗原检测方法，检测范围为5.00~320.00 ng/ml。高、中、低3个浓度样品准确度验证回收率在89.58%~104.78%之间。重复性验证变异系数分别为2.10%、2.47%、6.18%。中间精密度验证变异系数分别为2.89%、2.69%、1.94%。耐用性验证回收率在84.26%~114.21%之间。包被微孔板于37 ℃放置3 d，样品回收率在90.31%~103.11%之间。专属性验证结果显示该方法只识别CV-A2抗原，与其他抗原均无交叉反应。结论建立并验证了CV-A2 ELISA抗原检测方法，可应用于病毒纯化过程中样品的抗原检测，还可应用于含CV-A2的手足口病多价疫苗的CV-A2抗原含量检测。

简介：摘要目的建立柯萨奇病毒B4型病毒的分离方法，并对已分离到的江苏地方株进行基因进化分析。方法使用荧光定量PCR方法检测江苏省哨点医院收治的呼吸道感染患者咽拭子样本中肠道病毒感染情况，使用HeLa细胞对阳性样本进行病毒分离，然后进行VP4基因测序与进化树分析。结果荧光定量PCR检测肠道病毒阳性12例，1份样本经病毒分离后呈现细胞病变效应，RT-PCR扩增出特异性的VP4基因，测序显示该病毒株与其他20株CVB4病毒株的VP4核苷酸同源性都在86.56%~93.59%之间，确诊为CVB4江苏地方株。进化树分析显示，该病毒株只与CVB4病毒KY369904株形成一个聚簇。结论本研究采用HeLa细胞分离与鉴定到了1株肠道病毒，VP4基因进化分析判断为CVB4江苏地方株，对预防与控制当地的肠道病毒感染具有重要价值。

简介：摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列，采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间，与原型株比较，在编码区无碱基插入或缺失，在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%；与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析，可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E，本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%，P2区进化树图显示，本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近，P3区进化树图显示，本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性，非衣壳区呈现重组多样性，提示CV-A8正在经历变异动态变化； CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体，因此需要进一步加强监测CV-A8。

简介：摘要目的了解安徽省2020年柯萨奇A组10型（coxsackievirus A10，CV-A10）流行特征及VP1区基因特征。方法选取2020年1月至12月安徽省各市疾控中心上送的手足口病（hand，foot and mouth disease，HFMD）标本，接种人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离培养，采用荧光定量RT-PCR鉴定病毒分离物，对CV-A10毒株进行RT-PCR VP1区扩增及序列测定，使用软件对测序结果进行分析并构建系统进化树。结果共分离HFMD标本186份，阳性标本147株，其中CV-A10分离株13株，占8.84%（13/147），柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16，CV-A16）分离株4株，占2.72%（4/147），柯萨奇病毒A组6型（coxsackievirus A6，CV-A6）分离株130株，占88.44%（130/147），未分离到肠道病毒A组71型（enterovirusA71，EV-A71），总病毒分离率为79.03%。将13株CV-A10毒株进行VP1区全长扩增，共获得6条完整VP1序列。本研究中CV-A10毒株VP1区核苷酸同源性为97.9%~100.0%，氨基酸同源性为99.0%~100.0%；与CV-A10原型株（Kowalik）VP1区核苷酸同源性为76.3%~76.6%，氨基酸同源性为92.3%~100.0%。系统进化分析显示CV-A10可划分为分为A~I 9个基因型，2020年安徽省6株CV-A10均属于C基因型。结论2020年安徽省CV-A10毒株属于C基因型，为优势流行基因型，与国内其他地区毒株共进化。

简介：摘要目的了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒，通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增，采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析，采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果进化分析显示：在全基因组、P1区、P2区及P3区系统进化树上：毒株HS312/QD/CHN/2013和HS605/QD/CHN/2014与国内早期分离株共处同一分支；毒株FY218/QD/CHN/2015与2013年江苏温州分离株CV-A4/P1033/2013/China一起在各基因进化树上形成一独立分支；毒株HS144/QD/CHN/2014在P1区进化树上与HS312/QD/CHN/2014、HS605/QD/CHN/2014及国内早期分离株共处同一分支，但在全基因组、P2区及P3区进化树上各形成单一分支。重组分析提示：毒株HS144/QD/CHN/2014与2013年大陆流行的CVA2型毒株CV-A2/P373/2013/China在2C区～3D区间(5 081～7 301)发生基因重组；毒株FY218/QD/CHN/2015与毒株CV-A4/P1033/2013/China同源，都与CVA2型分离株CV-A2/P373/2013/China在2A区～2B区间(3 821～4 161)发生基因重组。结论青岛地区流行的CVA4在全基因组层面有明显的遗传多样性。

简介：摘要目的了解2016—2020年西安市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)中柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6, CV-A6)的流行病学特征，为HFMD防控提供科学依据。方法Real-time RT-PCR方法检测肠道病毒(enterovirus, EV)，从传染病报告信息管理系统中获取病例的个案资料，采用描述性流行病学方法分析CV-A6感染HFMD的流行特征，Excel 2007和SPSS 18.0软件进行统计学分析。结果2016—2020年在4 034例HFMD病例中，肠道病毒A组71型(enterovirus group A type 71, EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus group A type 16, CV-A16)和其他EV的检出率分别为17.85%(720/4 034)、23.92%(965/4 034)和47.79%(1 928/4 034)。随机抽取2 571例HFMD病例，其中其他EV阳性1 268例，CV-A6在HFMD病例中的检出率为34.73%(893/2 571)，CV-A6在其他EV阳性病例中的构成比为70.43%(893/1 268)。CV-A6感染HFMD的男女性别比为1.47∶1，≤5岁患儿占到所有病例的95.18%，发病高峰集中在4~6月份。CV-A6感染HFMD与EV-A71和CV-A16感染HFMD相比较，在临床分型上差异有统计学意义(χ2＝139.55, P<0.001)，在年龄(F＝2.74, P＝0.065)和性别比(χ2＝2.43, P＝0.297)上差异没有统计学意义。结论2016—2020年西安市HFMD的优势病原是其他EV，其中CV-A6在其他EV阳性病例中的检出率最高，应开展HFMD多种病原检测，加强CV-A6感染HFMD的防控。

简介：摘要目的探讨血浆脑利钠肽(brain natriuretic peptide，BNP)水平预测柯萨奇病毒A6(coxsackie virus A6，CV-A6)型手足口病(hand，foot and mouth disease，HFMD)患儿重症程度的临床价值。方法回顾性分析2017年1月至2018年12月西安市儿童医院收治的CV-A6型HFMD住院患儿305例，根据病情严重程度分为普通组(200例)和重症组(105例)。利用受试者工作特征曲线计算血浆BNP水平预测CV-A6型HFMD重症化的最佳临界值。采用多因素Logistic回归分析各相关因素与CV-A6型手足口病患儿重症程度的相关性。结果CV-A6型HFMD重症组与普通组相比，WBC、BNP水平、神经系统症状、循环障碍、血糖水平差异均有统计学意义(P均<0.05)。受试者工作特征曲线分析BNP预测重症HFMD的最佳临界值为294.85 ng/L。多因素Logistic回归分析发现WBC>15×109/L、血糖>8.3 mmol/L和BNP>294.85 ng/L是CV-A6型HFMD发展为重症的危险因素(OR＝2.275，P＝0.013；OR＝6.057，P＝0.028；OR＝1.008，P<0.001)。结论BNP>294.85 ng/L与CV-A6型HFMD严重程度密切相关，具有预测价值，是CV-A6型HFMD重症化的预警因素。

简介：摘要目的原核表达柯萨奇病毒A组5型(coxsackievirus A5，CV-A5)VP1蛋白，并制备抗VP1多克隆抗体(多抗)，为CV-A5相关定性定量研究制备试剂。方法逆转录PCR扩增N端截短的CV-A5 VP1-ΔN56后，克隆至原核表达载体pGEX-6P-1，获得pGEX-6P-1-VP1-ΔN56。将其转化大肠埃希菌BL21(DE3)，表达重组蛋白并纯化。用纯化的谷胱甘肽巯基转移酶-VP1-ΔN56融合蛋白经背部皮下免疫日本大耳白兔，制备多抗。结果重组表达载体构建成功，融合蛋白以不可溶包涵体存在。ELISA、蛋白质印迹法检测表明，获得的兔多抗效价为107，可特异性识别重组和天然CV-A5 VP1蛋白。结论成功制备重组CV-A5 VP1蛋白及特异性多抗。为中和抗原表征研究及VP1定性定量分析奠定了基础。

简介：摘要目的了解辽宁省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中分离到的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A group 6 type, CV-A6)VP1区基因特征。方法收集2014—2018年辽宁省14个市送检的HFMD患者非肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirusA16, CV-A16)肠道病毒(enterovirus, EV)的阳性标本，通过细胞培养法分离EV，提取病毒RNA，用RT-PCR法对EV VP1区基因扩增和序列测定。利用Blast对测序结果比对后确定病毒基因型别。对鉴定为CV-A6的分离株利用软件DNAStar和MEGA5.0进行VP1区同源性分析，并构建系统进化树。结果2014—2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他EV的阳性标本7 379份，用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出111株CV-A6。通过遗传进化分析显示，CV-A6流行株形成A、B、C、D分支，D分支分为D1～D3亚分支，2014—2018年43株辽宁省CV-A6分离株处在D2和D3亚分支，D2亚分支11株，D3亚分支32株。辽宁CV-A6分离株间的VP1区基因核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91%～100%和95.5%～100%；与处在A分支的原型株Gdula的核苷酸同源性为79%～82%，氨基酸同源性为90.9%～92.4%，亲缘关系较远；与2008年芬兰变异株KM114057共同处在D分支，亲缘关系近，核苷酸同源性为93%～96%，氨基酸同源性为93.9%～98%。结论辽宁省CV-A6分离株有D2和D3分支共同流行传播，其中D3分支是优势流行株。

简介：摘要目的了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况，阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）基因特征。方法对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型（EV-A71）+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测，并对非EV-A71和非CV-A16阳性样本进行普通RT-PCR扩增得到VP1全长序列。用MEGA 5.2软件对本次研究分离到的昆明市CV-A6毒株序列与参考序列构建系统进化树，分析其分子流行病学特征。结果2016—2018年昆明市手足口病病原监测结果显示，昆明市实验室诊断手足口病共2 318例，其中，检出EV-A71阳性417例，CV-A16阳性883例，其他EV阳性1 018例。2016年的优势病原为CV-A16（50.26%），2017和2018年优势病原均为其他EV，分别占56.06%和54.03%。从其他EV共分离出CV-A6毒株57株，均属于国内流行的D3a亚型。结论2016—2018年引起昆明市儿童手足口病的主要病原体是CV-A16和其他EV，应加强常规监测中其他EV的监测，并关注CV-A6毒株的持续流行。

简介：摘要目的分析2017—2019年辽宁省手足口病病原构成情况，并对鉴定为柯萨奇病毒A组16型（CVA16）的毒株进行VP1基因特征分析，以掌握本地区CVA16的分子流行病学特征。方法采用实时荧光定量PCR法对收集的标本进行肠道病毒通用基因和分型基因检测，对鉴定为CVA16型病毒进行VP1基因测序并分析。结果2017—2019年共有8 152份实验室确诊病例标本，其中EV71阳性1 212份，占全部实验室确诊病例的14.87%；CVA16阳性1 746份，占21.42%；其它肠道病毒5 194份，占63.71%。31株CVA16型病毒中，1株是B1a亚型，其余30株均为B1b亚型。结论CVA16是引起辽宁省手足口病的重要病原体，属于B1基因型，存在B1a和B1b两种基因亚型共循环现象。

简介：摘要目的了解2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CV-A6)流行情况及VP1区基因特征和种系进化关系。方法收集2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者104份咽拭子，使用肠道病毒通用RT-PCR筛选出阳性标本。再用肠道病毒VP1区的通用分型引物扩增阳性样本，扩增序列测序并进行BLAST比对。用CV-A6 VP1全长引物，扩增CV-A6阳性样本，扩增产物测序，通过DNAstar和MEGA软件进行核苷酸和氨基酸的同源性分析并构建系统发育树。结果104份咽拭子样本中，肠道病毒检测阳性60份，总体阳性率为57.7%，其中CV-A6阳性率26.9%(28/104)，柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)阳性率30.8%(32/104)。对28份CV-A6阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析获得22株阳性序列，其核苷酸同源性为93.6%～99.9%，氨基酸同源性为98.0%～100%。系统进化分析表明22株CV-A6均属于D基因型中的D3亚型。结论引起2019年秋冬季青岛地区住院手足口病的病原体是CV-A6和CV-A16，CV-A6的流行株主要是D3亚型。

简介：摘要目的了解2020年文山州手足口病患儿病原学特征并对柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CVA6)和CVA16 VP1区基因特征进行分析。方法直接从2020年云南省手足口病实验室监测系统收集的文山州手足口病患儿粪便标本中提取病毒核酸，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus, EV)VP4/VP2结合区基因并进行测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序，进行基因特征分析。按参考文献下载基因库中CVA6和CVA16 VP1区参考序列，用MEGA5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果共从317份标本中检测到32株EV，1株星状病毒MLB1型(astrovirus MLB1)。病毒总体检出率为10.41%(33/317)，EV检出率为10.09%(32/317)，其中肠道病毒A组(enterovirus species A, EVA)31株，占EV阳性数的96.88%(31/32)，EVB组病毒1株，占3.12%(1/32)，未检测到EVC和EVD组病毒。EV中，检出率最高的病毒是CVA6，占62.50%(20/32)，其次是CVA16(18.75%，6/32)、CVA4(9.37%，3/32)、CVA10(3.12%，1/32)，未检测到EVA71病毒。基因进化分析表明20株CVA6为D3a亚型，并可分为3个进化分支。6株CVA16为B1a亚型，是中国一直流行的基因型，文山州6株B1a亚型可分为两个进化分支。结论2020年云南省文山州手足口病的病原检测率为10.41%，EV中CVA6是主要的流行毒株，其次是CVA16。基于VP1区基因特征分析表明，2020年文山州手足口病的主要病原是CVA6 D3a亚型，其次是CVA16 B1a亚型，未检测到EVA71。