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  • 简介:作为一种新型分子标记,表达序列标签一简单重复序列(EST—SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记的开发策略、方法及其应用进展,总结了其中存在的一些问题,目的是为今后该领域的研究提供一定的参考。

  • 标签: 表达序列标签 简单重复序列 标记开发 策略
  • 简介:目的:利用磁珠富集法分离北柴胡微卫星序列,以开发北柴胡微卫星引物,获得有多态性的简单序列重复(SSR)标记。方法:用生物素标记的混合探针(AC)15、(AG)15、(MAB)12:和两端连接已知序列人工接头的北柴胡基因组DNA酶切片段混和后与磁珠杂交,构建微卫星序列富集的小片段插入文库;利用接头引物分别与生物素探针引物Biotin-(Ac)15、Biotin-(AG)15、Biontin-(MAB)。2形成3个组合,用PCR方法对文库进行初步筛选;对可能的阳性克隆子进行测序复筛,选取微卫星侧翼序列足够长的序列设计引物,用荧光标记的基因分型技术以栽培柴胡种质为材料分析其多态性。结果:开发了5对多态性SSR标记,它们在5份柴胡栽培种质中共扩增出30.70个多态性等位基因,平均每条引物可以扩增出6.14个多态性等位基因;观察等位基因数最多13个,最少3个;有效等位基因数最多11.4个,最少1.6个。同时分析了4对EST-SSR引物,比较了2种SSR标记扩增结果。结论:磁珠富集法是开发柴胡多态性SSR标记的有效方法。

  • 标签: 柴胡 简单序列重复 磁珠富集法 基因分型
  • 简介:研究寡核苷酸芯片的重复性与间隔臂(spacer)和探针长度之间的相关性.设计12条不同长度的带有不同spacer的探针,与749bp荧光标记靶序列杂交.扫描分析三次杂交结果,用Quantarray定量分析软件进行分析.随探针长度的延长,杂交信号的变异系数逐步降低.15mer的探针杂交的信号较弱,杂交不够稳定,重复性也相对较差.20mer、25mer、30mer的探针的变异系数逐渐降低.spacer为15时变异系数最小.说明选择spacer为poly(dT)15的25mer和30mer的探针可以获得较好的重复性.

  • 标签: 间隔臂 探针长度 寡核苷酸芯片 相关性 杂交重复性 变异系数
  • 简介:腺相关病毒(AAV,AdenoassociatedVirus)是一类线状单股DNA的微小病毒。腺相关病毒因共具有定点整合(19q13qter)及非病原性等特点而在基因转移与治疗中可望作为较为理想的载体。其在宿主染色体DNA上的整合需要辅助病毒共转染。根据Cavalier-Smith的线状SSDNA分子复制模式,即复制过程中3′OH端作为引物在DNA聚合酶的作用下合成另一姊妹股DNA分子,然后共价地连接到亲代未折叠的5′端回纹末端而进行DNA复制。本文

  • 标签: 腺相关病毒 ITRs NEOMYCIN 染色体基因 DNA 末端反向重复