简介：采用GIS、BioDiversity等技术，基于云南丰富的气候类型、特异的民族生境和多样的稻种资源条件，分析与观察了6081份云南地方稻种资源多样性在不同气候类型和各类稻区中的表现，结果表明：①不同气候环境对稻种资源的资源量和多样性的形成有显著作用。②稻种多样性从北热带→南亚热带→中亚热带→北亚热带→南温带→中温带→北温带逐渐减小。反之增大，结合各气候带的海拔和温度变化规律看，随海拔升高、温度降低而减小，反之亦然。籼粳亚种的多样性与稻种多样性呈现同样趋势。早、中、晚稻多样性在南温带、北热带和中亚热带相对较大；水、陆稻多样性在北热带、南亚热带和北亚热带相对较大；而与饮食文化相关的粘糯、特种稻多样性富聚区主要集中在北热带地区。③根据稻种多样性在各气候带中的分布可分为：低富聚气候带（指中温带和北温带）和富聚气候带（指北热带、南亚热带、中亚热带、北亚热带和南温带）。④稻种多样性在各类稻区中呈现：水、陆稻区〉单、双季籼稻区〉一季粳、籼稻区〉一季粳稻区。

简介：目的探讨1950～2007年中国深部真菌病的历史地理学规律,为防治该类疾病提供相关理论依据。方法检索1950～2007年中国深部真菌病文献,设置发病年龄、病种、相关发病因素等特征变量,以中间年限1980年和中国八大地区为界,采用SPSS13.0对报道的15778例深部真菌病在不同时段及不同地区间的特征进行分析。结果中国深部真菌病呈逐年增长趋势,在地域上逐渐由集中向分散变化,报道病例数前三位的地区依次为长江中下游地区、中原地区和岭南地区。中国深部真菌病的高发年龄段、病种和相关发病因素具有不同的历史地理学特征,1950～2007年,该病的高发年龄均为中青年,但1980年后,中青年比例下降,儿童和老年病例增多;且报道病种在1980年后明显增多,其中以念珠菌病最多见和最广泛,而鼻孢子菌、球孢子菌、帚霉菌感染区域仍较局限;同时,1980年前外伤是发病主要相关因素,而在1980年后被不洁性接触、抗生素滥用、慢性病等取代。结论中国深部真菌病的发病率将逐年上升,气候湿润、经济发达、人口稠密的长江中下游和中原地区等将成为该类病的主要发病区。将深部真菌病的防治工作与其历史地理学特征结合起来,对从整体上把握该类疾病的发病特征和趋势具有重要意义。

简介：对6121份云南地方稻种资源中的特种稻资源，即黑（紫）米、红米、香米、糯米（酒米）和软米的特征特性进行综合评价；以云南省128个县为基本单位，应用GIS平台统计整理云南省每个县所属的气候类型，并结合云南省的5个稻作分区分析研究云南特种稻资源的生态地理分布。通过研究综合评价了云南特种稻资源的特征特性，初步摸清了云南特种稻资源除香米资源集中分布在中亚热带和中温带外，其他特种稻资源都集中分布在南亚热带的生态地理分布习性，其研究结果可为稻作资源收集保护、农作物生态地理分布、特优稻育种、生态育种、生物育种、农业产业开发和产业区划结构调整等研究提供参考依据。

简介：生长素应答因子（ARF,auxinresponsefactors）是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为SiARFs。利用生物信息学对谷子SiARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,SiARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。SiARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。

简介：目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组（www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/parapsilosis/）中寻找可能的ERG11基因序列（CpERG11）,并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株（ATCC22019）的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。

简介：对用固相扣除杂交方法从低温驯化沙冬青克隆得到的AmLEA5基因进行表达模式分析和生物信息学分析,表明该基因编码一种第5族胚胎发育晚期丰富蛋白（LEA）,全长693bp,含有1个297bp的开放阅读框,编码98个氨基酸,预测Am-LEA5的分子量为10.6kDa,是一种亲水性蛋白,有多个磷酸化位点。密码子偏好性分析表明该基因略偏好于用A或T结尾的密码子。系统发生分析表明,AmLEA5蛋白与蒺藜苜蓿LEA（ACJ84182.1）亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示AmLEA5的表达量在低温、干旱、盐和热胁迫条件下均有上调,尤其在低温胁迫后期富集量最高。亚细胞定位表明,用YFP标记的AmLEA5位于细胞质和细胞核内。一系列试验结果表明AmLEA5基因在沙冬青抵御非生物胁迫,尤其是在抵御低温胁迫机制中发挥重要作用。

简介：Fibrillin11（FBN11）是植物质体中FBN蛋白家族的重要成员之一,比其他成员多300～500个氨基酸残基,说明其可能存在某些特异性结构和功能。本研究在水稻幼苗中扩增获得到了一个受非生物逆境胁迫诱导的OsFBN11基因的全长cDNA,该基因含有12个内含子和13个外显子。其编码蛋白的分子量为72.36kD,pI值为9.26。生物信息学分析结果表明,该蛋白含有无规则卷曲、α螺旋和β-折叠3种氨基酸二级结构,不含有跨膜结构域,蛋白亲水性强,PSORT软件预测该蛋白可能定位于叶绿体中。进一步对14种植物FBN11蛋白的同源性和5个物种该蛋白的保守结构域分析,发现该蛋白兼有典型的PAP-Fibrillin结构域和蛋白激酶PKc结构域。水稻全生育期芯片分析显示该基因主要在愈伤组织、叶片和根系中高水平表达。RT-PCR检测结果显示,该基因在水稻幼苗中受ABA、NaCl和干旱胁迫处理上调表达。上述结果表明,OsFBN11可能在水稻质体发育和抗非生物胁迫反应中发挥重要作用。

简介：在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLOunigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157-0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5-9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15-50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过qRT-PCR试验验证,结果表明：这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。

简介：NAC转录因子是高等植物所特有的具有多种生物功能的转录因子,在植物生长发育、抵抗逆境和激素调节等过程中发挥着重要作用。本研究利用RACE-PCR技术,克隆获得了紫花苜蓿NAC转录因子MsNAC1（GenBank登录号为JN099384.1）基因的cDNA序列。生物信息学分析显示,MsNAC1基因的开放阅读框（ORF）为993bp,编码一个由330个氨基酸残基组成的亲水性蛋白,N-端具有保守的NAM结构域,C-端高度变异,具备NAC转录因子的基本特征;MsNAC1蛋白被定位在细胞核中,含有2条核定位信号序列,具有9个糖基化位点和23个磷酸化位点,三级结构为对称的同型二聚体。多重比对发现,MsNAC1蛋白与拟南芥ATAF1和水稻OsNAC6蛋白的同源性较高;系统进化分析表明,MsNAC1蛋白属于NAC转录因子家族中的ATAF亚族,与ATAF1的亲缘关系最近。非生物逆境胁迫下的表达分析显示,MsNAC1基因在高盐、干旱和低温胁迫下表达量均呈现先上调后下调的趋势,不同处理时间的差异达到极显著水平,并且根中的表达量上调幅度高于叶片,说明该基因可能参与调控非生物逆境胁迫的生理响应。