简介：Theexplosivegrowthofthebioinformaticsfieldhasledtoalargeamountofdataandsoftwareapplicationspubliclyavailableaswebresources.However,thelackofpersistenceofwebreferencesisabarriertoacomprehensivesharedaccess.Weconductedastudyofthecurrentavailabilityandotherfeaturesofprimarybioinfor-maticswebresources(suchassoftwaretoolsanddatabases).Themajority(95%)oftheexaminedbioinformaticswebresourceswerefoundrunningonUNIX/Linuxoperatingsystems,andthemostwidelyusedwebserverwasfoundtobeApache(orApache-relatedproducts).Oftheoverall1,130UniformResourceLocators(URLs)examined,91%werehighlyavailable(morethan90%ofthetime),whileonly4%showedlowaccessibility(lessthan50%ofthetime)duringthesurvey.Furthermore,themostcommonURLfailuremodesarepresentedandanalyzed.

简介：Itiswidelyrecognizedthatexchange,distribution,andintegrationofbiologicaldataarethekeystoimprovebioinformaticsandgenomebiologyinpost-genomicera.However,theproblemofexchangingandintegratingbiologicaldataisnotsolvedsatisfactorily.TheeXtensibleMarkupLanguage(XML)israpidlyspreadingasanemergingstandardforstructuringdocumentstoexchangeandintegratedataontheWorldWideWeb(WWW).WebserviceisthenextgenerationofWWWandisfoundedupontheopenstandardsofW3C(WorldWideWebConsortium)andIETF(InternetEngineeringTaskForce).ThispaperpresentsXMLandWebServicestechnologiesandtheiruseforanappropriatesolutiontotheproblemofbioinformaticsdataexchangeandintegration.

简介：PBONDisawebserverthatpredictstheconformationofthepeptidebondbetweenanytwoaminoacids.PBONDclassifiesthepeptidebondsintooneoutoffourclasses,namelycisimide(cis-Pro),cisamide(cis-nonPro),transimide(trans-Pro)andtransamide(trans-nonPro).Moreover,foreverypredictionareliabilityindexiscomputed.Theunderlyingstructureoftheserverconsistsofthreestages:(1)featureextraction,(2)featureselectionand(3)peptidebondclas-sification.PBONDcanhandlebothsinglesequencesaswellasmultiplesequencesforbatchprocessing.Thepredictionscaneitherbedirectlydownloadedfromthewebsiteorreturnedviae-mail.ThePBONDwebserverisfreelyavailableathttp://195.251.198.21/pbond.html.

简介：PHProteomicDB是一个写PHP的模块在proteomics帮助研究人员用个人网络站点分享二维的电气泳动胶化数据。不技术或除了一些基础，PHP知识是必要的。PHProteomicDB让一个用户友好的政府连接进入并且更新数据。即时地显示胶化特征，胶化图画，和数的胶化点，他们的相关鉴定在蛋白质数据库指向他们的参考页创造网页。模块在http://www.huvec.com/index.php3是自由地可得到的?rub=Download。

简介：Mycobacterium肺结核(鱼雷快艇)，肺结核的原因的代理人，是这个世纪的大多数畏惧的疾病之一。它被研究人员长用各种各样的湿实验室、干燥实验室的技术在全世界学习了。在这研究，我们在能在silico被申请的genomic水平在采矿上集中有用模式从鱼雷快艇建筑群的基因的功能的描述。根据在这研究发现的模式开发的模型能正确地从鱼雷快艇紧张H37Rv的染色体识别99.77%输入基因。模型对四另外的鱼雷快艇紧张和相当或相同事物M被测试。bovis将进一步评估它的归纳能力。吝啬的预言精确性是85.76%。GC内容在整个染色体仍然保持相当不变，这也被观察，含有任何致病力岛的缺席从另外的有机体转了。这研究表明dinucleotide作文是为鱼雷快艇建筑群的一个有效的功能的班辨别者。为了便于这个模型，的应用程序，网服务器澡盆基因被开发了，它能自由地在http://www.bifmanit.org/tb2/被存取。

简介：在染色体为特定的DNA目标设计锌手指蛋白质主题在染色体工程的领域里是批评的。我们为为绑在特定的目标DNA地点的C2H2锌手指预言识别helices开发了一个计算方法。这预言用锌手指蛋白质和他们的目标DNA三位字节的彻底的数据集基于人工的神经网络。用户们能为也要预言在的二或三根锌手指选择选择一模块化或为输入DNA顺序的synergistic时尚。这个方法将为对为几个生物、生物医学的应用程序设计特定的锌手指抄写因素和锌手指核酸酶感兴趣的研究人员是珍贵的。网工具ZiF预言在http://web.iitd.ac.in/sundar/zifpredict/在网上是可得到的。