简介:摘要目的观察氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠视网膜组织中miRNA的表达,筛选与p21及视网膜新生血管(RNV)形成相关的miRNA。方法实验研究。40只健康7日龄C57BL/6J小鼠随机分为正常组和OIR组,每组20只。OIR组构建氧诱导RNV模型,正常组不做任何处理。小鼠17日龄时,处死小鼠,视网膜荧光铺片观察小鼠RNV发生情况;光学显微镜下计数突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核。取视网膜组织行miRNA芯片分析,检测正常组与OIR组之间差异表达的miRNA。所得差异miRNA靶基因分别进行基于基因注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的富集分析;通过Targetscan、MiRanda、MicroT-CDS数据库比对筛选可能与p21有关的miRNA及通路。组间两两比较采用独立样本t检验。结果与正常组比较,OIR组小鼠视网膜无灌注区面积、RNV及突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核数量增加,差异均有统计学意义(t=18.800、9.025,P<0.05)。与正常组比较,OIR组有统计学差异表达的miRNA 54个,其中,上调、下调者分别为47、7个。从3个数据库与所得差异miRNA的比对结果中共筛选到与p21相关miRNA 13个,按差异倍数从高到低分别为miR-7218-5p、miR-322-5p、miR-224-5p、miR-335-5p、miR-329-3p、miR-362-3p、miR-532-5p、miR-20b-5p、miR-20a-5p、miR-195a-5p、miR-423-5p、miR-497a-5p、miR-129-5p。差异miRNA靶基因富集分析,得到1 112个GO条目及50条KEGG通路,其中50个GO条目和13条KEGG通路与p21相关。结论在OIR模型中共筛选出13个与P21相关的miRNA。
简介:摘要目的观察富里酸(FA)干预缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(hRMEC)基因表达谱的MiSeq测序分析结果。方法体外培养hRMEC,并将其分为缺氧组(缺氧处理)和FA干预组(即缺氧后FA干预)。采用MTT比色法检测不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC活性的影响。选择FA的最佳作用浓度,通过实时荧光定量PCR (RT-PCR)验证FA对缺氧诱导hRMEC中细胞间黏附分子-1 (ICAM-1)、IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、MMP-2、TNF-α、TNF-β等炎症因子及炎症相关因子mRNA表达的影响。收集处于对数生长期的缺氧组和FA干预组细胞,应用MiSeq测序技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,在此基础上分析差异表达的miRNA;通过基因注释(GO)功能显著性富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路显著性富集分析对差异miRNA的功能及信号通路进行分析。组间炎症因子及炎症相关因子表达比较时,通过miRNA mimic调节细胞中相应miRNA的表达水平,观察其对细胞功能的影响,从而判断该miRNA的作用。结果不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC的细胞活性无影响。RT-PCT检测结果显示,缺氧组hRMEC中ICAM-1、IL-1β、IL-6和TNF-β的mRNA表达较正常组明显上调,差异有统计学意义(t=3.426、6.011、5.282、6.500 ,P=0.027、0.004、0.006、0.003);FA干预组hRMEC中ICAM-1、IL-6、TNF-α和TNF-β的mRNA表达较缺氧组明显下降,差异有统计学意义(t=9.961、3.676、3.613、3.387,P=0.001、0.021、0.023、0.028 )。缺氧组和FA干预组之间共有14个差异表达miRNA,其中上调基因9个,下调基因5个。共4个差异miRNA (hsa-miR-1 285-3p、hsa-miR-30d-3p、hsa-miR-3 170、hsa-miR-7 976)的预测靶基因均为ICAM-1。GO功能显著性富集分析结果显示,差异基因的功能主要富集在细胞发育、细胞分化和单生物发育过程中。KEGG通路显著性富集分析结果显示,差异miRNA表达高度富集的是癌症中蛋白多糖通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,差异表达较明显的是花生四烯酸代谢通路和安非他明成瘾性通路。结论FA可能通过调控多个miRNA的表达,影响下游ICAM-1 mRNA的表达水平,从而对缺氧刺激hRMEC后细胞的炎性状态产生影响。
简介:摘要目的观察氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠视网膜组织中miRNA的表达,筛选与视网膜新生血管(RNV)有关的miRNA。方法80只健康7日龄C57BL/6J小鼠随机分为对照组和OIR组,每组40只。OIR组小鼠构建OIR模型,对照组小鼠不做任何处理。小鼠17日龄时,做视网膜荧光铺片,荧光显微镜下观察小鼠RNV发生情况;做视网膜病理切片HE染色,光学显微镜下计数突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核。取视网膜组织行miRNA芯片分析,检测对照组与OIR组之间差异表达的miRNA,并行PCR验证。所得差异miRNA靶基因和表达谱分别进行基于基因注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的富集分析。组间两两比较采用独立样本t检验。结果荧光显微镜及光学显微镜观察发现,对照组小鼠视网膜未见无灌注区、新生血管及突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核;OIR组小鼠视网膜可见大量无灌注区、新生血管及突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核。两组小鼠突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核数量比较,差异有统计学意义(t=9.025,P<0.05)。miRNA芯片分析结果显示,与对照组比较,OIR组有54个miRNA发生了具有统计学差异的表达。其中,上调者47个,下调者7个。miRNA差异表达倍数大于1.25倍者23个,小于0.75倍者5个。PCR验证结果显示,差异表达倍数最高的5个miRNA表达趋势与芯片分析结果一致,差异均有统计学意义(P<0.05)。GO分析共得到1112个差异有统计学意义的条目(P<0.05);KEGG分析共得到65个差异有统计学意义的条目(P<0.05 )。结论OIR小鼠视网膜组织中miRNA较正常小鼠视网膜组织有54个表达差异显著的miRNA;表达差异的miRNA可能不同程度参与了RNV的发生发展。