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  • 简介:摘要目的利用高通量转录组测序技术研究H1N1流感病毒感染原代人视网膜色素上皮(retinal pigment epithelial,RPE)细胞后的差异表达基因(differential expressed genes,DEGs)及其参与的相关调控信号通路。方法H1N1流感病毒分别感染原代人RPE细胞2 h或12 h,以H1N1未感染为对照组,提取总RNA,构建文库,进行转录组测序。利用DESeq2软件筛选DEGs,DEGs进行基因本体(gene ontology, GO)功能注释与京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。结果与对照组相比,H1N1流感病毒感染2 h组共鉴定出1 830个DEGs,感染12 h组共鉴定出2 847个DEGs;H1N1流感病毒感染动力学过程中(2 h: 12 h),共鉴定出1 213个DEGs。对H1N1流感病毒感染12 h组的DEGs进行GO功能注释分析,结果表明DEGs广泛存在多种细胞组分中,并参与细胞过程、生物调节、代谢过程等多种生物学过程。KEGG通路富集分析表明,在H1N1流感病毒感染2 h组中,DEGs主要富集在PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、癌症MicroRNAs、细胞因子-细胞因子受体相互作用;在H1N1流感病毒感染12 h组中,DEGs主要富集在PI3K-Akt信号通路、癌症MicroRNAs、AGE-RAGE信号通路以及免疫炎症通路;在H1N1流感病毒感染动力学过程中(2 h: 12 h),DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、TGF-β信号通路。结论H1N1流感病毒感染导致RPE细胞的转录组发生显著改变,这些数据为阐明流感病毒等呼吸道病毒感染眼部的分子机制提供了科学参考。

  • 标签: H1N1流感病毒 视网膜色素上皮细胞 转录组 差异表达基因
  • 简介:摘要目的探讨两种实验室检测方法在EB病毒(EBV)相关儿童传染性单核细胞增多症(IM)临床诊断中的应用价值。方法将2018年1月至2019年12月于西安医学院第一附属医院确诊为EBV-IM的158例患儿作为EBV-IM组。将本院同一时间段、同年龄和性别的158例非EBV-IM患儿作为对照组。分别采用间接免疫荧光法检测EBV抗体、实时荧光定量PCR法检测EBV-DNA,并对两种检测方法诊断儿童EBV-IM的敏感度、特异度和准确度进行比较。非正态分布计量资料以中位数(M,Min~Max)表示,采用Mann-Whitney U检验进行比较。计数资料以例(百分数)表示,采用χ2检验或Fisher确切概率法进行比较,多组间两两比较采用Bonferroni法调整α水平为0.017。采用Kappa一致性检验分析各检测方法间的一致性。采用受试者工作特征(ROC)曲线评价单一指标及联合检测的诊断效能,采用Delong法对ROC曲线下面积(AUC)进行比较。以P<0.05为差异有统计学意义。结果EBV-IM组中≤6岁学龄前儿童EBV-IM患病率最高,为82.9%(131/158)。EBV-IM组与对照组年龄、性别差异均无统计学意义(U/χ2=1 1728、1.529,P均>0.05)。实时荧光定量PCR法检测EBV-DNA的敏感度和特异度分别为46.2%、91.6%,AUC值为0.703(95%CI:0.644~0.761)。间接免疫荧光法检测单一指标中AUC值最高的2项分别为低亲和力EBV-CA IgG和EBV-CA IgM,其AUC值分别为0.820(95%CI:0.771~0.869)和0.677(95%CI:0.617~0.737)。与PCR法进行联合诊断,EBV-CA IgM+低亲和力EBV-CA IgG、EBV-DNA+EBV-CA IgM、EBV-DNA+低亲和力EBV-CA IgG以及EBV-DNA+EBV-CA IgM+低亲和力EBV-CA IgG的AUC值分别为0.934(95%CI:0.900~0.959)、0.757(95%CI:0.706~0.804)、0.963(95%CI:0.935~0.981)和0.999(95%CI:0.986~1.000)。EBV-DNA+EBV-CA IgM+低亲和力EBV-CA IgG联合检测的AUC值最高,敏感度和特异度分别为100%、91.6%,与其他单一以及联合检测指标相比差异均有统计学意义(P均<0.05)。结论间接免疫荧光法与实时荧光定量PCR法联合检测具有较高的敏感度和特异度,在EBV-IM临床诊断中具有较好的应用价值。

  • 标签: EB病毒 传染性单核细胞增多症 免疫荧光法 实时荧光定量聚合酶链反应
  • 简介:摘要目的探讨两种实验室检测方法在EB病毒(EBV)相关儿童传染性单核细胞增多症(IM)临床诊断中的应用价值。方法将2018年1月至2019年12月于西安医学院第一附属医院确诊为EBV-IM的158例患儿作为EBV-IM组。将本院同一时间段、同年龄和性别的158例非EBV-IM患儿作为对照组。分别采用间接免疫荧光法检测EBV抗体、实时荧光定量PCR法检测EBV-DNA,并对两种检测方法诊断儿童EBV-IM的敏感度、特异度和准确度进行比较。非正态分布计量资料以中位数(M,Min~Max)表示,采用Mann-Whitney U检验进行比较。计数资料以例(百分数)表示,采用χ2检验或Fisher确切概率法进行比较,多组间两两比较采用Bonferroni法调整α水平为0.017。采用Kappa一致性检验分析各检测方法间的一致性。采用受试者工作特征(ROC)曲线评价单一指标及联合检测的诊断效能,采用Delong法对ROC曲线下面积(AUC)进行比较。以P<0.05为差异有统计学意义。结果EBV-IM组中≤6岁学龄前儿童EBV-IM患病率最高,为82.9%(131/158)。EBV-IM组与对照组年龄、性别差异均无统计学意义(U/χ2=1 1728、1.529,P均>0.05)。实时荧光定量PCR法检测EBV-DNA的敏感度和特异度分别为46.2%、91.6%,AUC值为0.703(95%CI:0.644~0.761)。间接免疫荧光法检测单一指标中AUC值最高的2项分别为低亲和力EBV-CA IgG和EBV-CA IgM,其AUC值分别为0.820(95%CI:0.771~0.869)和0.677(95%CI:0.617~0.737)。与PCR法进行联合诊断,EBV-CA IgM+低亲和力EBV-CA IgG、EBV-DNA+EBV-CA IgM、EBV-DNA+低亲和力EBV-CA IgG以及EBV-DNA+EBV-CA IgM+低亲和力EBV-CA IgG的AUC值分别为0.934(95%CI:0.900~0.959)、0.757(95%CI:0.706~0.804)、0.963(95%CI:0.935~0.981)和0.999(95%CI:0.986~1.000)。EBV-DNA+EBV-CA IgM+低亲和力EBV-CA IgG联合检测的AUC值最高,敏感度和特异度分别为100%、91.6%,与其他单一以及联合检测指标相比差异均有统计学意义(P均<0.05)。结论间接免疫荧光法与实时荧光定量PCR法联合检测具有较高的敏感度和特异度,在EBV-IM临床诊断中具有较好的应用价值。

  • 标签: EB病毒 传染性单核细胞增多症 免疫荧光法 实时荧光定量聚合酶链反应