简介：摘要目的通过分析昆明市住院严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection, SARI)病例病毒病原谱构成及其流行病学特征，为SARI临床诊治及预防控制提供病原学依据。方法实时荧光定量PCR的方法检测多种呼吸道病毒，结果采用软件SPSS20.0进行统计分析。结果2018年1月至2019年3月共检测了291份SARI病例咽拭子标本，检测出86份阳性标本，阳性率达29.55%。检出率最高的单病原分别为人甲型流感病毒(11.34%)、人偏肺病毒(3.44%)及人呼吸道合胞病毒(3.09%)，有6份标本出现了两种病毒的混合感染，混合感染率为2.06%。男性病例病毒检出率高于女性病毒检出率(χ2＝6.183，P＝0.013)，2～5岁年龄组病例病毒检出阳性率最高，呼吸道病毒检出阳性高峰在第4季度和第1季度，病毒阳性组和病毒阴性组的比较，除咳痰(χ2＝5.107，P＝0.024)及流涕(χ2＝4.683，P＝0.030)两个症状外，其余临床症状及体征、并发症和基础疾病在两组间差异均不具有统计学意义。结论2018—2019年流感病毒为昆明市SARI病例最主要的感染病原体，检出的病原体在不同年龄段、季节有一定的流行规律。

简介：摘要目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本，应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定，通过在线分析平台和软件，判断病毒型别，分析病毒突变情况，结合流调内容，推测疫情病毒感染来源。结果12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样，且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株，其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明，有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点，结合流行病学调查内容，提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现，病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外，还具有特有的氨基酸突变位点(如S：E1188D)，其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源，这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次，跟踪监测病毒变异规律，对疫情精准防控具有重要指导意义。