简介：摘要目的了解新疆维吾尔自治区（新疆）流行性脑脊髓膜炎（流脑）的流行病学和病原学特征。方法资料来源于中国疾病预防控制信息系统和新疆CDC保存的1960-2019年流脑发病数据，分析其流行病学特征。采用分离培养和荧光PCR对临床标本进行检测，并开展健康人群带菌调查。采用玻片凝集和荧光PCR方法检测菌株的血清群，采用多位点序列分型（multi-locus sequence typing，MLST）方法检测脑膜炎奈瑟菌（Nm）菌株分子分型特征。结果1960-2019年新疆流脑年发病率为0.02/10万~81.32/10万，病死率为1.05%~20.78%。喀什地区、阿克苏地区、乌鲁木齐市、昌吉回族自治州与和田地区发病数位居前5位。1990年以前，病例和密切接触者均以A群为主（81.82%）；1990年以后，出现B、C、W和Y群病例（14.00%），密切接触者没有明显优势的血清群，B、A、W、Y、C群分别为23.28%、18.53%、15.52%、9.91%、7.33%。健康人群带菌率为15.50%，16~岁带菌率最高（25.53%），菌株主要血清群为B（52.11%）、W（20.66%）、C（12.21%）和Y（9.39%）。MLST分子分型结果显示，新疆Nm菌株主要克隆群为ST-4821、ST-175和ST-5克隆群，病例Nm菌株以ST-5和ST-4821克隆群为主。结论1960-2019年新疆流脑发病率存在地区差异，健康人群带菌率高，Nm菌株血清群正在发生变迁。应在重点地区加强流脑疫情的防控，防止流脑的暴发流行。