简介:摘要目的建立武乡病毒(wuxiang virus, WUXV)的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)检测方法。方法从GenBank中下载WUXV的全部基因序列,使用MEGA-X完成多序列比对分析,选择针对S段基因高保守区设计的引物和探针,分别对检测反应的特异性、灵敏性和稳定性进行评价。结果建立的方法可以特异性地检测WUXV,并且与多种虫媒病毒无交叉反应;反应的灵敏度较高,最低检测下限为1 pfu/ml;同一样品重复检测循环阈值(Ct)的批间变异系数均小于1.00%;用本研究建立的TaqMan RT-PCR检测30批白蛉核酸样本,其中7批出现WUXV阳性扩增曲线。结论本研究建立了灵敏度高、特异性强、重复性好的TaqMan RT-PCR方法可用于WUXV的大批量样本筛查。
简介:摘要人呼吸道合胞病毒(HRSV)是引起婴幼儿和老年人严重急性下呼吸道感染的主要病原体之一,其发病率和病死率在全球范围内均较高。疫苗是预防HRSV感染、传播、重症的重要手段之一,但全球尚未有正式获批的HRSV预防性疫苗。本文对当前HRSV疫苗的研发进展进行梳理和分析,概述不同类型HRSV预防性疫苗的设计路线并讨论在疫苗研发中面临的困难挑战,以期为我国HRSV疫苗的研发和临床试验的开展提供参考。
简介:摘要目的建立一种灵敏且特异的实时荧光定量RT-PCR方法,用于快速检测盖塔病毒(getah virus, GETV)。方法从GenBank数据库下载GETV基因序列,使用Clustal X完成序列比对,针对高保守区段设计特异性引物和探针;以GETV核酸为标准品建立标准曲线,分别对检测反应的灵敏度、特异性和稳定性进行评价。结果本方法能特异地检测GETV,与多种虫媒病毒无交叉反应;灵敏度为1.0×10 pfu/ml,批内和批间变异系数均小于1%。从湖南、河北、福建、重庆采集的196批蚊虫中检出1批GETV阳性。结论建立了灵敏度高,特异性强的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法用于GETV筛查。
简介:摘要目的分析2019年辽宁省收集到的水痘-带状疱疹病毒(VZV)基因特征。方法采集辽宁省2019年疑似水痘或带状疱疹患者的疱疹液样本共32份。采用实时荧光定量聚合酶链反应筛查疑似样本,通过检测分析阳性样本的三个开放阅读框(ORF)即ORF22、ORF38和ORF62上的单核苷酸多态性(SNP)位点,整理样本及序列资料并对基因序列对比分析,确定病毒株基因型别,进行疫苗株与野毒株鉴别。结果32份疑似水痘或带状疱疹患者样本中,27份为VZV阳性,均为野毒株属Clade2遗传支,核苷酸与氨基酸的同源性分别为98.85%~100%和96.9%~100%。其中LN-14在37990位点发生A→G碱基突变,并且有1例疫苗突破病例。结论2019年辽宁省流行的VZV基因型均属Clade2野毒株。
简介:摘要目的分析2020—2021年山东省水痘-带状疱疹病毒(VZV)的基因特征。方法于2020年1月到2021年12月收集85份山东省疑似水痘患者的疱疹液样本,采用实时荧光定量PCR检测VZV核酸,筛查疑似样本。通过PCR和Sanger法测序检测阳性样本的开放阅读框(ORF)ORF22片段和ORF38片段的6个单核苷酸多态性(SNP)位点,确定病毒基因型别;检测ORF38片段和ORF62片段的4个SNP位点鉴别疫苗株和野毒株。从GenBank数据库上下载VZV各基因型参考序列,采用Sequencher软件和Mega7软件进行序列分析。结果85份疑似水痘样本中,有80份样本为VZV阳性,均为野毒株,属于clade 2遗传分支。80株序列与clade 2代表株相比,ORF22片段的核苷酸与氨基酸的同源性分别为99.5%~100%和98.5%~100%。其中病毒毒株SD20-1、SD20-5、SD20-6、SD20-8、SD20-9、SD20-10、SD20-11、SD20-12、SD20-13、SD20-30和SD20-31均在37990位点发生A➝G的碱基突变,导致所编码氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸;SD21-1在38059位点发生C➝A的碱基突变,导致编码苏氨酸变为天冬酰胺。结论2020—2021年山东省VZV基因型均属于clade 2型别的野毒株。
简介:摘要目的建立一种灵敏、特异的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),用于快速、准确地检测西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)。方法收集GenBank数据库中全部TIBOV基因序列,利用Clustal X 2.1软件进行比对,根据分析结果选择TIBOV VP4基因保守区域设计特异性引物、探针;以体外转录的RNA为标准品,建立检测TIBOV的TaqMan RT-PCR方法,绘制荧光定量标准曲线;对该方法的特异性、灵敏度、重复性进行评价。结果引物与探针具有良好的特异性,对多种虫媒病毒无交叉反应。检测反应灵敏度为1.0×102拷贝/反应,在1.0×102~8拷贝/反应模板范围内具有良好的扩增曲线,同一样品重复检测循环阈值(Ct)的变异系数均小于1.5%。对西藏自治区、云南省、湖南省和广东省采集的蚊虫样本进行筛查,结果均为阴性。TIBOV模拟样本检出率为100%。结论该方法灵敏度高、特异性强,可用于TIBOV的常规监测。