简介:摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型(CV-A8)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型:A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C(1株)、D(2株)、E(8株)3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化; CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。
简介:摘要目的了解人腺病毒(human adenovirus,HAdV)在不同疾病病原谱中的检出情况。方法对符合纳入标准的284个研究进行HAdV检出率的Meta分析,分析内容包括异质性检验、随机效应模型合并效应量、Meta回归、敏感性分析和发表偏倚。结果284个研究检出率波动较大、异质性较高,分别采用不同的方法降低或分析异质性:随机效应模型合并总检出率为4.21%(95%CI:3.80%~4.66%);亚组分析各组检出率分别为胃肠道症状疾病5.06%(95%CI:4.22%~6.06%)、呼吸道症状疾病3.97%(95%CI:3.53%~4.46%)、儿童4.50%(95%CI:4.06%~4.99%)、成人2.09%(95%CI:1.22%~3.56%)、抗原检测1.94%(95%CI:1.64%~2.30%)、核酸检测5.82%(95%CI:5.21%~6.49%)、抗体检测5.60%(95%CI:4.17%~7.48%)、中国东部地区3.67%(95%CI:3.18%~4.24%)、中部地区6.07%(95%CI:5.20%~7.08%)、西部地区5.00%(95%CI:4.03%~6.18%)、≤1 000样本量6.10%(95%CI:5.39%~6.91%)、>1 000样本量2.66%(95%CI:2.32%~3.05%);Meta回归分析有显著性的因素为疾病种类、年龄、检测方法、研究地区、样本量,调整R2=37.15%。结论HAdV检出率的研究,在异质性较大时,Meta分析对率的合并仍有待完善。不同疾病种类、不同年龄、检测方法、研究区域和样本量大小是引起异质性的部分原因。
简介:摘要人呼吸道合胞病毒(HRSV)是婴幼儿发生严重下呼吸道感染的主要病原体,严重危害儿童健康。近年来HRSV疫苗和抗体类生物制品的研发已有较大突破,其研发及之后的使用策略均离不开HRSV流行和病毒变异特征的监测。世界卫生组织(WHO)高度重视HRSV流行及其变异特征的监测,但我国缺乏全国层面的、多中心的HRSV监测数据,各实验室所用的监测病例定义不一致,HRSV检测和监测方法不统一,不同实验室的结果难以进行比对分析。因此急需在我国建立全国层面多中心的HRSV监测网络,采用标准化的HRSV检测方法和监测方案进行HRSV流行特征和病毒变异特征的持续监测,为单克隆抗体和疫苗的研发、使用和评价提供基础科学数据。
简介:摘要人副流感病毒(HPIVs)是引起儿童急性呼吸道感染的主要病原体之一,根据其血清学及基因组特征,可分为HPIV1~HPIV4四种血清型别。不同血清型HPIVs导致的临床疾病谱、流行特征和疾病负担都有所不同。基于病毒结构蛋白基因的核苷酸差异,HPIVs可进一步划分为具有不同时空分布特征的基因型和基因亚型。标准的分子分型方法有助于阐明HPIVs在人群传播过程中的基因进化和传播模式,然而,由于国内外至今未建立统一且标准化的分子分型方法,阻碍了对HPIVs分子流行病学的研究。因此,本研究就HPIVs的病毒特征、基因组结构、现有的基因分型方法及进化加以综述,并筛选出分子分型参考株,以完善对HPIVs基因特征以及分子分型的认识,为我国开展HPIVs分子流行病监测和研究提供重要的科学依据。
简介:摘要人呼吸道合胞病毒(HRSV)是世界范围内引起5岁以下儿童急性下呼吸道感染最重要的病毒病原,也是导致1岁以下婴儿罹患急性下呼吸道感染住院的首要病毒因素,严重危害儿童健康。为全面梳理我国HRSV相关疾病负担、流行病学特征、临床诊断策略及HRSV感染防治技术的最新研究进展,中华医学会中华医学杂志编辑委员会于2020年12月在北京召开了“呼吸道合胞病毒防治关键理念与技术研讨会”。与会专家围绕HRSV相关领域研究现状及医学需求,交流探讨后形成了我国HRSV防治行动倡议,亟需在全国:(1)建立全国多中心的HRSV监测网络;(2)规范HRSV实验室诊断标准,促进HRSV感染相关病例的发现和报告;(3)积极开展HRSV感染相关疾病的监测和多中心临床研究;(4)提升被动免疫用于预防HRSV感染相关疾病的认知;(5)搭建HRSV学术交流平台,提高对于HRSV感染和流行的认知。专家一致倡议应尽快开展多中心参与、多学科联合的系列研究,为HRSV感染相关疾病的诊疗和防控工作提供依据与参考。
简介:摘要为探讨新型生物标本口腔液在新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸和抗体检测中的应用价值,采集2021年10—11月北京两起新型冠状病毒肺炎(简称“新冠肺炎”)聚集性疫情的7例确诊病例的口腔液及配对的呼吸道和血液样本。采用荧光定量PCR和血清抗体检测试剂盒分别检测SARS-CoV-2核酸和IgG抗体,同时采用新建的磁微粒化学发光法检测口腔液标本SARS-CoV-2 IgG抗体。结果显示,3例新冠肺炎确诊病例鼻咽拭子、咽拭子和口腔液标本SARS-CoV-2核酸检测结果均为阳性,其中2例病例口腔液双基因循环阈值(Ct值)与咽拭子相近,1例高于咽拭子。获得1例确诊病例口腔液标本全基因组序列,属于VOC/Delta变异株。口腔液和配对血清标本SARS-CoV-2 IgG抗体均为阳性,口腔液的S/CO值较血清低。其中,采集到口腔液系列标本的病例,口腔液抗体水平在发病后11~32 d呈上升趋势。
简介:摘要人呼吸道合胞病毒(HRSV)是婴幼儿发生严重下呼吸道感染的主要病原体,每年都会导致全球疾病流行,严重危害儿童健康。目前只有帕丽珠单克隆抗体(Palivizumab,Synagis®)可用于预防早产儿和免疫低下的儿童感染HRSV,但尚未引进国内进行临床应用。经过近70年的研究,仍没有被批准使用的HRSV疫苗,因此抗病毒生物制品的研究显得更加重要,尤其是一些特异性好、靶向性强的抗体类生物制品,其中纳米抗体ALX-0171、预防用单克隆抗体Nirsevimab和MK-1654在临床试验里已经展现出了令人惊喜的结果。本文梳理了HRSV抗体类生物制品的最新研究进展,希望加快我国抗体类生物制品的研发和临床试验的开展,减少婴幼儿HRSV感染的疾病负担。
简介:摘要目的以原核系统表达的麻疹病毒核蛋白作为包被抗原,初步建立检测麻疹病毒抗体的间接ELISA方法,并将其应用于人群抗体水平的评估。方法对各项实验条件进行筛选和优化,确定间接ELISA法的操作流程,并检测了157份健康儿童和新生儿母亲血清中的抗麻疹病毒IgG抗体,与商品化麻疹病毒ELISA IgG抗体检测试剂盒进行比较。结果本研究建立的间接ELISA方法批内和批间的重复性试验变异系数均小于10%,与试剂盒检测结果相比,血清标本的总符合率为95.5%,灵敏度和特异度分别可达94.8%和98.3%。其中,两种方法检测的85份0~15岁健康儿童血清麻疹病毒IgG抗体阳性率,无论是<8月龄组或8月龄~15岁组,结果差异均无统计学意义(χ2=0.313,P>0.05;χ2=0.000,P>0.05),且通过本研究所建立的ELISA方法检测的麻疹病毒抗体水平表现出与试剂盒检测结果在不同年龄组一致的增减趋势,两种方法定量结果的相关系数r为0.893(P<0.001),显示出该方法具备的定量潜力。结论本研究建立的ELISA方法具有良好的稳定性,且灵敏度高、特异度强,与商品化试剂盒检测结果无明显差异,可用于麻疹病毒血清流行病学调查和疫苗免疫后人群抗体水平的评估。
简介:摘要目的分析泉州2018—2019年人呼吸道合胞病毒(HRSV)流行情况和基因特征。方法样本来自2018年11月至2019年5月福建省泉州市儿童医院送检的下呼吸道感染患儿咽拭子样本,共141份。采用RT-PCR法进行HRSVG基因3′末端靶基因扩增,使用sequencher 5.0以及MEGA5.05软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果HRSV阳性样本25份,17份样本成功获得靶基因序列,其中HRSVA 13份,HRSVB 4份;共鉴定出两个基因型:ON1基因型(13份,HRSVA)和BA9基因型(4份,HRSVB)。5条ON1基因型靶基因序列与2012—2015年北京、长春和浙江流行的ON1基因型序列汇聚为一簇(Cluster1);1条(FJ19-02)与2012—2015年我国多个地区流行的ON1基因型序列汇聚为一簇(Cluster2);其余7条为独立的一簇(Cluster-FJ)。HRSVB亚型中FJ18-02、FJ19-14、FJ19-15与2015年在吉林长春流行的BA9基因型序列汇聚在一起;FJ19-13则与2013年在广州和浙江两地流行的BA9基因型序列具有较近的亲缘性。ON1基因型和BA9基因型均在重复插入的72和60个碱基片段区出现了核苷酸和氨基酸变异。Cluster-FJ分支靶基因序列出现了特征性氨基酸突变(H266L);FJ19-13出现了H261Q和Q265L的独立突变。结论2018—2019年福建泉州流行的HRSV基因型为BA9和ON1,Cluster-FJ为新发现的独立传播链,有可能在泉州建立了本土循环流行。
简介:摘要目的评价热力灭活和3种常见化学消毒剂对肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EV-A71)的灭活效果,为肠道病毒二级生物安全实验室实验活动后的消毒工作提供基础数据。方法分别在不同温度和不同消毒剂浓度下,按照不同的作用时间处理一定滴度的EV-A71病毒,将灭活处理后的病毒接种于96孔细胞培养板中,逐日观察并记录细胞病变效应,最后计算病毒处理液的病毒滴度。结果EV-A71病毒在56 ℃加热灭活30 min后可被有效灭活(灭活对数值>6),在65 ℃加热灭活30 min、70 ℃加热灭活10 min后,无细胞病变效应发生;3种化学消毒剂在一定浓度和作用时间下可以有效灭活EV-A71病毒。结论EV-A71病毒的灭活效果与热力灭活温度、化学消毒剂浓度和处理作用时间等因素有关,对EV-A71的灭活曲线进行研究,有利于在不同灭活环境下灭活条件的选择。
简介:摘要目的比较4种戊型肝炎(戊肝)病毒(hepatitis E virus,HEV)IgM抗体诊断试剂盒在1起暴发疫情中的诊断性能。方法应用4种试剂检测一起戊肝暴发疫情中研究对象的急性期血清标本中的IgM抗体,并检测HEV RNA;进行统计学分析。结果MP、科华、万泰和贝尔公司试剂的HEV IgM抗体检出率分别为40.00%(108/270)、29.26%(79/270)、28.52%(77/270)和20.37%(55/270),一致率为78.52%(212/270);对HEV RNA阳性血清标本,MP、科华和万泰试剂的检测灵敏度均为66.67%(32/48),贝尔试剂灵敏度为58.33%(28/48);对急性戊肝临床诊断病例血清标本,MP、科华和万泰试剂检测灵敏度为69.81%(37/53),贝尔试剂灵敏度为60.38%(32/53);贝尔与科华、贝尔与万泰试剂对HEV RNA阳性或急性戊肝临床诊断病例血清标本的HEV IgM抗体检出率差异具有统计学意义(McNemar检验:P<0.05),而其他试剂的检出率之间差异无统计学意义(McNemar检验:P>0.05);对HEV RNA阴性或临床排除急性戊肝研究对象血清标本,科华与万泰试剂的HEV IgM抗体检测结果最为接近(McNemar检验:P>0.05),其余试剂之间检出情况差异较大(McNemar检验:P<0.05)。结论MP、科华和万泰HEV IgM抗体诊断试剂盒灵敏度较高,适合急性戊肝的早期血清学筛查;在戊肝暴发疫情中,应结合HEV IgM抗体和HEV RNA检测结果进行综合诊断。
简介:摘要目的了解2014年湖南省C亚属人腺病毒(HAdV-C)分离株的基因特征。方法2014年从湖南省长沙市严重急性呼吸道感染儿童病例咽拭子标本中分离到一株HAdV-C病毒株(Hunan2014-s024),分段扩增目的基因片段,拼接后获得全基因组序列,同时下载GenBank数据库中国内外流行的HAdV-C代表株全基因组序列构建HAdV-C数据库,使用生物信息学软件进行全基因组序列特征分析。结果Hunan2014-s024株与2006年山西省健康儿童粪便标本中分离到的HAdV-C病毒株(MK041244-CHN-2006)的同源性最高,并以该病毒基因组元件为主要骨架,在penton base基因上交换了2012年湖南省急性下呼吸道感染患儿分离株(MK041246-CHN-2012)的基因片段。结论2014湖南株(Hunan2014-s024)为2006年山西省病毒株(MK041244-CHN-2006)与2012年湖南株(MK041246-CHN-2012)的重组病毒,由于其致病性可能发生了改变,因此有必要加强HAdV-C的分子流行病学监测,以了解其潜在疾病负担和公共卫生意义。
简介:摘要目的了解我国河南省漯河市严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,SARI)病例人腺病毒(human adenovirus,HAdV)基因特征。方法对2017年10月至2019年2月SARI病例中鉴定的HAdV阳性标本进行病毒分离后,扩增并测定其Hexon基因的Loop2区域,初步鉴定病毒分离株型别。然后根据初筛结果,分别使用HAdV各型特异性引物扩增病毒株3个靶基因(Penton base、Hexon和Fiber)的序列全长,并与各型原型株以及国内外相应型别代表株进行系统发育和序列同源性分析,以确定HAdV病毒株型别并了解其基因特征。结果从河南省漯河市783份SARI病例中鉴定的27份HAdV阳性咽拭子标本中,共分离获得18株病毒分离株,分子分型结果显示,这些毒株分属于B亚属(HAdV-3、HAdV-7和HAdV-55)、C亚属(HAdV-1、P1H2F2、Px1/Ps3H5F5、P89H5F5和HAdV-6)和E亚属(HAdV-4)。其中C亚属HAdV-1分离阳性率最高(33.3%),其次为B亚属HAdV-3(22.2%)和C亚属P1H2F2(11.1%)。本研究4种HAdV病毒株(HAdV-3、HAdV-4、HAdV-7和HAdV-55)基因组序列在时间和空间上具有显著的保守性和稳定性特点,而HAdV-C鉴定了3种基因重组模式(P1H2F2、Px1/Ps3H5F5和P89H5F5),其潜在的公共卫生意义需进一步研究证实。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例HAdV感染主要以C亚属为主,其次为B亚属和E亚属,该数据为当地腺病毒相关传染病的预防控制提供了科学依据。
简介:摘要目的了解2017—2019年河南省漯河市住院严重急性呼吸道感染病例(SARI)的病毒性病原谱特征。方法通过“SARI病例监测平台”,收集2017年11月到2019年2月河南省漯河市中心医院的SARI病例。最终纳入783例SARI病例,所有病例在入院24 h内采集咽拭子,并记录人口学特征、发病时间、临床特点等信息,同时进行病毒检测和鉴定,并分析不同年龄和时间SARI病例的病毒检出情况。结果783例SARI病例年龄M(P25,P75)为3(1,5)岁,范围为1月龄~95岁,以<5岁儿童为主(71.01%);男性(61.81%)多于女性(38.18%)。783份SARI病例咽拭子标本中,共有64.88%(508/783)咽拭子标本检出至少1种病毒,共检出9种病毒。流感病毒、人呼吸道合胞病毒检出率较高,均为20.18%(158例)。各病毒混合感染率达15.84%(124/783),其中双重感染最常见,占混合感染病例的85.48%(106/124);混合感染病例中主要以人呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、人流感病毒最常见。<5岁儿童与60~95岁老人两个年龄组病毒检出率较高,分别为68.71%和63.27%。冬春季以流感和人呼吸道合胞病毒感染为主,夏季以人副流感病毒感染为主。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例咽拭子标本以流感病毒和人呼吸道合胞病毒为主要病毒,各病毒的流行特征存在年龄和时间差异。
简介:摘要目的了解我国九省份发热呼吸道症候群(FRS)监测病例中常见病毒感染情况。方法研究资料来源于中国疾病预防控制中心“传染病监测技术平台信息管理系统”中九省份(安徽、北京、广东、河北、湖南、吉林、山东、陕西和新疆)2009年1月至2021年6月间的FRS病例监测数据,最终将具有8种病毒[人流感病毒(HIFV)、人呼吸道合胞病毒(HRSV)、人腺病毒(HAdV)、人副流感病毒(HPIV)、人鼻病毒(HRV)、人偏肺病毒(HMPV)、人冠状病毒(HCoV)以及人博卡病毒(HBoV)]核酸检测结果的8 243例FRS监测病例纳入研究。采用χ²检验/Fisher确切概率法分析不同年龄组、不同地区和不同季节病例的病毒检出率差异。结果8 243例FRS病例年龄M(Q1,Q3)为4(1,18)岁,<5岁以下儿童占56.56%(4 662例);男性占58.1%(4 792例);病例主要来源于门、急诊病例和住院病例,其中门急诊病例数为2 043例,住院病例数为6 200例。FRS病例的病毒检出率从高到低依次为HRSV、HIFV、HPIV、HRV、HAdV、HMPV、HCoV和HBoV。有524例病例同时检出两种及两种以上病毒,占病毒检测阳性病例数的15.66%。不同年龄组中病毒检出率的差异具有统计学意义(均P<0.05),<5岁以下儿童的病毒检出率较高(49.96%)。南方任一病毒阳性检出率高于北方(P<0.001)。FRS病毒阳性病例全年均有检出,HRSV检出率在秋、冬季较高,HIFV检出率在冬季较高,HMPV检出率在冬、春季较高;而HPIV、HRV、HCoV和HBoV的检出率在夏、秋季节较高,而HAdV在不同季节检出率的差异无统计学意义。与2009—2019年相比,2020—2021年的任一病毒阳性检出率有所下降,由原来的41.37%下降至37.86%;HIFV检出率由原来的10.62%急剧下降至1.37%;HPIV检出率由原来的8.24%下降至5.88%。而HRV和HBoV的检出率则由原来的5.43%和1.79%,分别上升至9.67%和3.19%。结论2009—2021年中国九省份FRS病例以HRSV和HIFV感染较为常见,8种常见呼吸道病毒的流行特征存在年龄、地区和季节差异。