简介:摘要目的探讨微小RNA(miRNA,miR)-214-5p对人瘢痕疙瘩成纤维细胞(KF)(购自上海信裕生物技术有限公司)增殖和凋亡的影响及其作用机制。方法检测62例正常皮肤组织和62例皮肤瘢痕疙瘩患者miR-214-5p表达。将miR-NC(miR-NC组)、miR-214-5p(miR-214-5p组)、si-NC(si-NC组)、si-鼠双微体2基因(MDM2)(si-MDM2组)、anti-miR-NC(anti-miR-NC组)、anti-miR-214-5p(anti-miR-214-5p组)、miR-214-5p+pcDNA3.1(miR-214-5p+pcDNA3.1组)和miR-214-5p+pcDNA3.1-MDM2(miR-214-5p+pcDNA3.1-MDM2组)转染至KF细胞。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测miR-214-5p表达;蛋白质印迹法(Western blot)检测蛋白表达;细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖;流式细胞仪检测细胞凋亡;双荧光素酶报告基因检测细胞荧光活性。采用t检验或单因素方差分析比较两组或多组间均数差异。结果与miR-NC组比较,miR-214-5p组KF细胞细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、吸光度(A450)值和B淋巴细胞瘤-2(bcl-2)显著降低(分别为0.23±0.02比0.80±0.08、0.52±0.05比0.97±0.09、0.16±0.02比0.68±0.06,t=20.737、13.695、24.661,P<0.05),miR-214-5p、p21、bcl-2相关X蛋白(bax)和凋亡率显著升高[分别为0.51±0.05比0.14±0.01、0.95±0.09比0.27±0.02、0.79±0.08比0.14±0.04、(23.57±2.23)%比(8.16±0.85)%,t=21.769、22.127、21.802、19.371,P<0.05]。与si-NC组比较,si-MDM2组KF细胞MDM2、Cyclin D1、A450和bcl-2显著降低(分别为0.33±0.03比0.84±0.07、0.37±0.03比0.82±0.07、0.64±0.06比0.97±0.08、0.26±0.03比0.66±0.05,t=14.621、12.328、7.926、6.112,P<0.05),p21、bax和凋亡率显著升高[分别为0.73±0.07比0.26±0.03、0.61±0.06比0.13±0.05、(18.27±1.53)%比(8.23±0.95)%,t=15.477、10.386、11.149,P<0.05]。与miR-214-5p+pcDNA3.1组比较,miR-214-5p+pcDNA3.1-MDM2组KF细胞MDM2、Cyclin D1、A450值和bcl-2显著升高(分别为0.57±0.06比0.23±0.02、0.50±0.05比0.22±0.03、0.73±0.07比0.51±0.05、0.48±0.05比0.17±0.02,t=18.324、15.122、10.784、16.131,P<0.05),p21、bax和凋亡率显著降低[分别为0.62±0.06比0.97±0.09、0.43±0.04比0.76±0.08、(12.37±1.24)%比(23.42±2.20)%,t=9.123、13.244、18.024,P<0.05]。结论miR-214-5p可抑制KF细胞增殖并促进凋亡,其机制可能与靶向调控MDM2有关。
简介:摘要目的建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA(microRNA,miRNA)靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA(hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683)的靶基因定位到STRING在线数据库(https://string-db.org),筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化,通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数,筛选PPI网络的中心节点(度和介数均最高的节点)。同时,采用CytoHubba插件中的最大团中心(MCC)分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析,筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白质名称在线提交KOBAS v3.0数据库(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/),对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)的度(101)和介数(0.010 723 89)均最高,为PPI网络的中心节点。经MCC分析,UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块,5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络,筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。
简介:摘要目的利用基因芯片筛选心房颤动(房颤)患者外周血单核细胞中差异表达的环状RNAs(circRNAs),初步探讨circRNAs在房颤发生发展中的作用。方法连续入选2019年10月1日至10日在泰州市人民医院拟消融治疗的4例房颤患者和4例正常对照者,应用芯片技术检测外周血单核细胞circRNAs差异表达,进行基因本体论(GO)、代谢信号通路(pathway)分析,建立circRNAs-miRNAs共表达网络。结果初步筛选出120条差异表达circRNAs,上调65条,下调55条。GO分析富集最大的生物过程包含磷脂酰乙醇胺酰基链重塑、磷脂酰胆碱酰基链重塑、磷脂生物合成等,富集最大的细胞组成包含特殊颗粒、细胞表面、细胞外区等,富集最大的分子功能包含2-酰基甘油-3-磷酸酰基转移酶活性、跨膜信号受体活性、1-酰基甘油-3-磷酸酰基转移酶活性等。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析提示差异表达circRNAs相关信号通路主要涉及炎症和免疫系统。circRNA_7571、circRNA_4648、circRNA_4631和circRNA_2875是共表达网络中结合节点最多的前4个circRNAs,hsa-miR-128-3p是共表达网络中与circRNAs作用最多的节点。结论房颤患者外周血单核细胞存在差异表达circRNAs,与房颤的发病机制可能相关。circRNA_7571、circRNA_4648、circRNA_4631和circRNA_2875是共表达网络中结合节点最多的前4个circRNAs。circRNA-hsa-miR-123p在房颤发病机制中可能起关键性作用。