简介:摘要目的分析S100钙结合蛋白A11(S100A11)在脑胶质瘤患者中的表达特征及其临床意义。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中310例脑胶质瘤患者的临床资料和转录组测序结果。根据患者的病理学特征,评价S100A11在不同分组中的表达特征。同时选用癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库中的611例脑胶质瘤患者对其进行验证。采用Kaplan-Meier生存曲线判断S100A11表达量对脑胶质瘤患者生存期的影响。进一步采用单因素和多因素Cox回归分析法评估S100A11表达量是否为影响患者预后的独立危险因素。通过生物信息学分析法获得与S100A11相关基因的生物学功能,以判断S100A11参与脑胶质瘤恶性进展的可能机制。结果在CGGA数据库中,S100A11的表达量随肿瘤世界卫生组织(WHO)分级的升高而增加(Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级依次为:-0.78±0.69、-0.12±0.80、0.62±0.84,F=96.250,P<0.001);S100A11在间质型、异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型和O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶(MGMT)启动子非甲基化型脑胶质瘤中的表达水平更高(均P<0.001);在2016年WHO中枢神经系统肿瘤分类中,S100A11在IDH野生型低级别胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤中均具有较高的表达(均P<0.001)。S100A11高表达者的总体生存率明显低于低表达者(P<0.05)。S100A11的上述表达特征在TCGA RNA测序数据库中得到相似的结果。多因素Cox回归分析结果显示,S100A11高表达是影响脑胶质瘤患者预后的独立危险因素(HR=1.227,95%CI:0.963~1.538,P=0.014),可用于判断预后。S100A11可能与脑胶质瘤细胞的免疫反应、细胞外基质调控等生物学过程有关。结论S100A11在脑胶质瘤中的表达量与其恶性程度相关,可能通过影响肿瘤细胞的免疫反应参与脑胶质瘤的恶性进展;S100A11可能成为脑胶质瘤患者预后判断的指标及治疗靶点。
简介:摘要目的分析造血系细胞特异蛋白1(HCLS1)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其意义。方法收集中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)计划数据库的两套mRNA测序数据及其临床资料(CGGA325数据集325例,CGGA693数据集693例)。分析HCLS1在不同世界卫生组织(WHO)病理学分级、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、2016年中枢神经系统肿瘤分类、O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态的脑胶质瘤患者中的表达特征。根据HCLS1表达量的中位数,将患者分为高表达组和低表达组,绘制Kaplan-Meier生存曲线,采用log-rank检验比较不同HCLS1表达水平患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析判断脑胶质瘤患者总生存期的影响因素。收集2007年1月至2015年10月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科收治的脑胶质瘤患者的脑胶质瘤样本和生存信息(实验组1共27例,实验组2共17例),实验组1采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测HCLS1的表达量,实验组2采用免疫组织化学染色检测HCLS1蛋白的表达情况,并计算免疫组织化学染色评分。采用生物信息学方法分析HCLS1的生物学功能。结果在CGGA325数据集中,HCLS1的表达量随WHO病理学级别(Ⅱ~Ⅳ级)的升高而增加(F=30.29,P<0.001);HCLS1在IDH野生型中的表达量高于IDH突变型(t=8.51,P<0.001);依据2016年的中枢神经系统肿瘤分类,3组低级别脑胶质瘤患者中,HCLS1表达量在IDH突变+1p/19q联合缺失组最低(F=23.61,P<0.001),而两组高级别脑胶质瘤患者中,HCLS1在IDH野生组的表达高于IDH突变组(P<0.001);MGMT启动子非甲基化者的HCLS1表达量高于甲基化者(P=0.001);HCLS1高表达组患者的总生存期短于低表达组(P<0.001)。HCLS1的上述表达特征在CGGA693数据集中得到了验证。多因素Cox回归分析结果显示,HCLS1表达量是影响脑胶质瘤患者总生存期的独立危险因素(HR=1.951,95%CI:1.307~2.910,P=0.001)。qRT-PCR结果显示,HCLS1的表达量随WHO病理学级别的升高而增加(F=11.11,P<0.001)。免疫组织化学染色评分结果显示,HCLS1蛋白在WHO Ⅱ~Ⅳ级组织样本中的评分依次为(1.33±0.21)分、(3.40±0.87)分及(7.67±0.88)分,组间差异有统计学意义(F=21.88,P<0.001)。实验组1和2中,HCLS1基因和蛋白高表达患者的总生存期均短于低表达者(均P<0.05)。生物信息学分析提示,HCLS1可能与脑胶质瘤细胞的免疫反应有关。结论HCLS1的表达量与脑胶质瘤的恶性程度及患者的生存期有关,可作为判断患者预后的潜在指标。
简介:摘要目的分析造血系细胞特异蛋白1(HCLS1)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其意义。方法收集中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)计划数据库的两套mRNA测序数据及其临床资料(CGGA325数据集325例,CGGA693数据集693例)。分析HCLS1在不同世界卫生组织(WHO)病理学分级、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、2016年中枢神经系统肿瘤分类、O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态的脑胶质瘤患者中的表达特征。根据HCLS1表达量的中位数,将患者分为高表达组和低表达组,绘制Kaplan-Meier生存曲线,采用log-rank检验比较不同HCLS1表达水平患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析判断脑胶质瘤患者总生存期的影响因素。收集2007年1月至2015年10月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科收治的脑胶质瘤患者的脑胶质瘤样本和生存信息(实验组1共27例,实验组2共17例),实验组1采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测HCLS1的表达量,实验组2采用免疫组织化学染色检测HCLS1蛋白的表达情况,并计算免疫组织化学染色评分。采用生物信息学方法分析HCLS1的生物学功能。结果在CGGA325数据集中,HCLS1的表达量随WHO病理学级别(Ⅱ~Ⅳ级)的升高而增加(F=30.29,P<0.001);HCLS1在IDH野生型中的表达量高于IDH突变型(t=8.51,P<0.001);依据2016年的中枢神经系统肿瘤分类,3组低级别脑胶质瘤患者中,HCLS1表达量在IDH突变+1p/19q联合缺失组最低(F=23.61,P<0.001),而两组高级别脑胶质瘤患者中,HCLS1在IDH野生组的表达高于IDH突变组(P<0.001);MGMT启动子非甲基化者的HCLS1表达量高于甲基化者(P=0.001);HCLS1高表达组患者的总生存期短于低表达组(P<0.001)。HCLS1的上述表达特征在CGGA693数据集中得到了验证。多因素Cox回归分析结果显示,HCLS1表达量是影响脑胶质瘤患者总生存期的独立危险因素(HR=1.951,95%CI:1.307~2.910,P=0.001)。qRT-PCR结果显示,HCLS1的表达量随WHO病理学级别的升高而增加(F=11.11,P<0.001)。免疫组织化学染色评分结果显示,HCLS1蛋白在WHO Ⅱ~Ⅳ级组织样本中的评分依次为(1.33±0.21)分、(3.40±0.87)分及(7.67±0.88)分,组间差异有统计学意义(F=21.88,P<0.001)。实验组1和2中,HCLS1基因和蛋白高表达患者的总生存期均短于低表达者(均P<0.05)。生物信息学分析提示,HCLS1可能与脑胶质瘤细胞的免疫反应有关。结论HCLS1的表达量与脑胶质瘤的恶性程度及患者的生存期有关,可作为判断患者预后的潜在指标。
简介:摘要目的探讨影响脑胶质瘤恶性进展、患者生存预后的关键基因及其在脑胶质瘤中的表达特征和临床意义。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)RNA测序数据库310例、癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库699例、GSE16011 mRNA芯片数据库268例和REMBRANDT mRNA芯片数据库中317例脑胶质瘤患者的临床资料及其脑胶质瘤样本的测序数据,筛选出与患者预后相关的共同差异基因,通过文献检索确定目标基因。在上述4个数据库中评价该目标基因的表达特征。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线及单因素和多因素Cox回归分析法评价该目标基因对脑胶质瘤患者预后的作用。通过Pearson相关检验,筛选出CGGA和TCGA数据库中与目标基因表达呈正相关(r>0.5且P<0.05)的基因,进一步利用在线软件DAVID对其进行生物功能聚集分析。采用实时荧光定量聚合酶联链式反应(qRT-PCR)检测星形细胞株和脑胶质瘤细胞株中该基因的表达量。采用细胞免疫荧光染色法检测经药物处理后脑胶质瘤细胞株(U87、U251和LN229)中γ-H2AX蛋白的表达情况。结果经筛选,组蛋白1H2BH(HIST1H2BH)为目标基因。在上述4个数据库中,HIST1H2BH的表达量在世界卫生组织(WHO)Ⅱ、Ⅲ及Ⅳ级间的差异均有统计学意义(均P<0.01),其中在Ⅳ级中最高,Ⅱ级中最低;且HIST1H2BH在异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型脑胶质瘤中的表达量均高于IDH突变型(均P<0.001)。在CGGA和TCGA数据库中,全级别脑胶质瘤和胶质母细胞瘤患者,HIST1H2BH高表达组的总体生存率均低于低表达组(均P<0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,HIST1H2BH表达量高是影响脑胶质瘤患者总生存期的危险因素(HR=1.275,95%CI:1.040~1.563,P<0.05)。生物功能富集分析结果显示,与HIST1H2BH表达量呈正相关的基因主要参与细胞增殖、DNA损伤修复和细胞外基质调控。qRT-PCR结果显示,HIST1H2BH在HA、U87、U251和LN229细胞株中相对表达量的差异有统计学意义(分别为1.03±0.03、1.62±0.08、3.41±0.27、2.86±0.20,P<0.05)。细胞免疫荧光结果显示,经替莫唑胺处理后,U87细胞株的γ-H2AX蛋白的表达水平较U251和LN229细胞株增加(P<0.05)。结论HIST1H2BH在脑胶质瘤中的表达随病理学级别的升高而增加,是影响脑胶质瘤患者生存期的危险因素,可能与其参与DNA损伤修复从而引起肿瘤细胞耐药有关。
简介:摘要目的探讨影响脑胶质瘤恶性进展、患者生存预后的关键基因及其在脑胶质瘤中的表达特征和临床意义。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)RNA测序数据库310例、癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库699例、GSE16011 mRNA芯片数据库268例和REMBRANDT mRNA芯片数据库中317例脑胶质瘤患者的临床资料及其脑胶质瘤样本的测序数据,筛选出与患者预后相关的共同差异基因,通过文献检索确定目标基因。在上述4个数据库中评价该目标基因的表达特征。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线及单因素和多因素Cox回归分析法评价该目标基因对脑胶质瘤患者预后的作用。通过Pearson相关检验,筛选出CGGA和TCGA数据库中与目标基因表达呈正相关(r>0.5且P<0.05)的基因,进一步利用在线软件DAVID对其进行生物功能聚集分析。采用实时荧光定量聚合酶联链式反应(qRT-PCR)检测星形细胞株和脑胶质瘤细胞株中该基因的表达量。采用细胞免疫荧光染色法检测经药物处理后脑胶质瘤细胞株(U87、U251和LN229)中γ-H2AX蛋白的表达情况。结果经筛选,组蛋白1H2BH(HIST1H2BH)为目标基因。在上述4个数据库中,HIST1H2BH的表达量在世界卫生组织(WHO)Ⅱ、Ⅲ及Ⅳ级间的差异均有统计学意义(均P<0.01),其中在Ⅳ级中最高,Ⅱ级中最低;且HIST1H2BH在异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型脑胶质瘤中的表达量均高于IDH突变型(均P<0.001)。在CGGA和TCGA数据库中,全级别脑胶质瘤和胶质母细胞瘤患者,HIST1H2BH高表达组的总体生存率均低于低表达组(均P<0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,HIST1H2BH表达量高是影响脑胶质瘤患者总生存期的危险因素(HR=1.275,95%CI:1.040~1.563,P<0.05)。生物功能富集分析结果显示,与HIST1H2BH表达量呈正相关的基因主要参与细胞增殖、DNA损伤修复和细胞外基质调控。qRT-PCR结果显示,HIST1H2BH在HA、U87、U251和LN229细胞株中相对表达量的差异有统计学意义(分别为1.03±0.03、1.62±0.08、3.41±0.27、2.86±0.20,P<0.05)。细胞免疫荧光结果显示,经替莫唑胺处理后,U87细胞株的γ-H2AX蛋白的表达水平较U251和LN229细胞株增加(P<0.05)。结论HIST1H2BH在脑胶质瘤中的表达随病理学级别的升高而增加,是影响脑胶质瘤患者生存期的危险因素,可能与其参与DNA损伤修复从而引起肿瘤细胞耐药有关。