简介:摘要目的通过生物信息学分析来识别腹主动脉瘤的关键基因及并分析其相关的生物学通路。方法对68例样本(腹主动脉瘤:49例;对照组:19例)的RNA表达谱数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)来识别与腹主动脉瘤最为相关的基因模块。接着对模块中基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。随后,将样本按7∶3随机分为训练集(49例)与验证集(19例)。在训练集中,利用随机森林算法对模块中基因进行筛选,保留与腹主动脉瘤相关性大于0.5的基因。为了防止过拟合,Lasso回归算法被用来对确定腹主动脉瘤的关键基因。并使用并采用受试者工作特征(ROC)曲线计算不同数据集的AUC值。结果WGCNA分析共得到11个基因模块,其中浅橙色基因模块与腹主动脉瘤相关性最高(r=0.21),共包含106个基因。GO富集分析提示106个基因主要显著富集于"淋巴细胞分化"等功能;KEGG富集分析提示基因显著集中于"细胞因子受体相互作用"等信号通路。随机森林算法共得到49个基因,而Lasso回归算法确Fc受体样蛋白A(FCRLA)、CXC亚家族趋化因子13(CXCL13)、Rap鸟嘌呤核苷酸交换因子6(RAPGEF6)和促分裂原活化蛋白激酶1(MAP4K1)是腹主动脉瘤的关键基因。ROC曲线结果提示在训练集、验证集与总数据集中AUC值分别为0.921、0.800和0.881。结论FCRLA、CXCL13、RAPGEF6和MAP4K1是腹主动脉瘤的关键基因且与免疫浸润明显相关。
简介:摘要目的评价活性氧(ROS)在缺氧后处理激活大鼠心肌细胞核因子E2相关因子2(Nrf2)/抗氧化反应元件(ARE)信号通路中的作用。方法分离、培养成年大鼠原代心肌细胞,采用随机数字表法分成4组(n=20):正常组(N)、缺氧复氧组(HR组)、缺氧后处理组(HPO组)及HPO+ROS清除剂组(HPO+MPG)。采用缺氧45 min复氧60 min的方法制备心肌细胞缺氧复氧损伤模型;HPO组缺氧45 min后,行3个循环的氧合5 min-缺氧5 min处理,再复氧60 min;HPO+MPG组缺氧35 min时加入ROS清除剂N-(2-硫基丙酰)-甘氨酸(终浓度2 mmol/L)继续缺氧处理10 min,余同HPO组。于复氧末,检测心肌细胞内Ca2+水平和Nrf2活性,观察心肌细胞超微结构并进行线粒体Flameng评分;采用Western blot法和RT-PCR法分别检测心肌细胞Nrf2、醌氧化还原酶(NQO1)、SOD1、血红素加氧酶1(HO-1)及其mRNA表达。结果与N组比较,HR组心肌细胞内Ca2+水平、Nrf2活性和Flameng评分升高,Nrf2、NQO1、SOD1、HO-1及其mRNA表达下调(P<0.05);与HR组比较,HPO组心肌细胞内Ca2+水平和Flameng评分降低,Nrf2活性升高,Nrf2、NQO1、SOD1、HO-1及其mRNA表达上调(P<0.05);与HPO组比较,HPO+MPG组心肌细胞内Ca2+水平和Flameng评分升高,Nrf2活性降低,Nrf2、NQO1、SOD1、HO-1及其mRNA表达下调(P<0.05)。结论缺氧后处理激活大鼠心肌细胞Nrf2/ARE信号通路的机制可能与ROS有关。