简介：摘要目的基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase，HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性呼吸道感染病例的咽拭子标本进行常见病原体核酸筛查，对HPIV3阳性标本进行HN基因序列测定，与GenBank数据库的国外和我国10个省的HPIV3流行代表株HN基因序列进行比对，应用多种生物信息学方法开展分子进化分析。结果本研究期间从5个省市共获得49株HPIV3的HN基因序列，核苷酸同源性在96.6%~100%之间，其中48株为C3基因亚型，1株为C5基因亚型。系统进化分析显示，我国12个省市在2003—2020年间存在C1、C3和C5基因亚型的毒株共流行，毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.4%~99.8%和97.9%~100%，其中C3是我国的优势流行基因亚型，分属于C3a、C3b、C3c、C3e和C3f进化分支，以C3f的传播范围和流行时间最为广泛。对C3基因亚型的进化分析显示，其最近共同祖先形成时间(tMRCA)可追溯到1990年，有效群体规模在2002—2010年间逐渐扩张而后趋于平稳；C3各进化分支HPIV3的HN基因进化速率在3.69×10-4~5.82×10-4替换/位点/年之间；C3基因亚型毒株HN蛋白共享N308、N351、N485和N523潜在N-糖基化位点，选择压力以负向选择为主。结论C3基因亚型是我国的本土优势HPIV3流行型别，形成了广泛传播和持续流行态势，并在流行过程中形成多个进化分支共同循环。

简介：摘要目的了解我国河南省漯河市严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection，SARI)病例人腺病毒(human adenovirus，HAdV)基因特征。方法对2017年10月至2019年2月SARI病例中鉴定的HAdV阳性标本进行病毒分离后，扩增并测定其Hexon基因的Loop2区域，初步鉴定病毒分离株型别。然后根据初筛结果，分别使用HAdV各型特异性引物扩增病毒株3个靶基因(Penton base、Hexon和Fiber)的序列全长，并与各型原型株以及国内外相应型别代表株进行系统发育和序列同源性分析，以确定HAdV病毒株型别并了解其基因特征。结果从河南省漯河市783份SARI病例中鉴定的27份HAdV阳性咽拭子标本中，共分离获得18株病毒分离株，分子分型结果显示，这些毒株分属于B亚属(HAdV-3、HAdV-7和HAdV-55)、C亚属(HAdV-1、P1H2F2、Px1/Ps3H5F5、P89H5F5和HAdV-6)和E亚属(HAdV-4)。其中C亚属HAdV-1分离阳性率最高(33.3%)，其次为B亚属HAdV-3(22.2%)和C亚属P1H2F2(11.1%)。本研究4种HAdV病毒株(HAdV-3、HAdV-4、HAdV-7和HAdV-55)基因组序列在时间和空间上具有显著的保守性和稳定性特点，而HAdV-C鉴定了3种基因重组模式(P1H2F2、Px1/Ps3H5F5和P89H5F5)，其潜在的公共卫生意义需进一步研究证实。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例HAdV感染主要以C亚属为主，其次为B亚属和E亚属，该数据为当地腺病毒相关传染病的预防控制提供了科学依据。