简介:摘要目的分析北京市一株人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus, HRSV)A亚型全基因组序列的变异和遗传特征。方法对北京友谊医院住院儿童鼻咽抽吸物样本核酸进行二代测序,获得了一株HRSV A亚型全基因组序列,与其他相关参考株构建系统发生树,并对主要蛋白编码区进行同源性分析、单核苷酸多态性分析以及N-糖基化位点预测。结果系统发生树和同源性分析结果提示,本研究获得的HRSV病毒株(RSVA/Beijing-China/2017)属于A亚型ON1基因型。核苷酸和氨基酸变异分析表明G蛋白、F蛋白和L蛋白变异性较大。氨基酸变异位点分析显示G蛋白第142位发生了氨基酸替换(L142S)。F蛋白P27肽中(110-136aa)有一处氨基酸替换(S105N),在抗原位点Ø(62-69aa和196-210aa)中也发生了氨基酸替换(C69Y)。N-糖基化位点预测发现该毒株的F蛋白N-糖基化位点有5个,G蛋白N-糖基化位点有4个。结论本研究所得的HRSV毒株属于A亚型ON1基因型,G蛋白、F蛋白和L蛋白变异较大,G和F蛋白共发生22处氨基酸替换。
简介:摘要目的分析北京地区呼吸道感染住院儿童人博卡病毒1型(human bocavirus 1,HBoV1)的流行病学特征,阐明遗传进化特点。方法采用real-time PCR方法对2017—2019年北京友谊医院呼吸道感染住院患儿的2 848份鼻咽抽吸物样本进行HBoV1核酸检测,结合临床信息进行流行病学分析;利用巢氏PCR方法扩增HBoV1的NP1和VP1基因,分析序列同源性;构建VP1的最大分支可信度树和种群进化图,进行时间进化分析。结果2 848份样本中检出HBoV1阳性样本90份,感染率为3.16%,5岁以下患儿居多(93.33%,84/90)。HBoV1感染全年可见,10月份病例数最多,检出率为7.23%(18/249)。HBoV1阳性病例多与其他呼吸道病毒混合感染(48.89%,44/90),临床症状多为咳嗽和发热。巢氏PCR扩增获得NP1区序列55条和VP1序列47条,核酸同源性分别为98.9%~100%和99.1%~100%。HBoV1 VP1时间进化分析显示本研究获得的HBoV1基因序列出现在两个进化分支上,HBoV1种群动态平稳。结论HBoV1是导致北京地区儿童呼吸道感染的常见病毒之一,其基因进化相对稳定,但仍需持续监测。