简介：摘要目的了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法收集病例急性期咽拭子标本，应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果核酸检测显示，70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27)，N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示，同武汉参考株(NC_045512)序列相比，测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点，共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点，其中S蛋白区核苷酸突变位点9个，氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点，基因组高度同源，属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论应对境外输入性COVID-19进行持续监测，适当延长隔离观察期限，降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险；通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况，进行快速溯源，为我省后续精准防控提供有力依据。

简介：摘要目的探讨实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸在疾病诊断中的应用。方法从中国疾病预防控制信息系统选取截至2020年3月5日录入的河南省COVID-19的实验室检测数据和病例基本信息。所有信息都由当地医院和疾控中心录入系统，医院或者区县疾控中心负责采样，河南省各省辖市疾控中心负责核酸检测。结果共纳入6 714份标本，SARS-CoV-2核酸检测阳性率为23.82%。标本来源于3种诊断类型，确诊病例1 200例，疑似病例2 178例，无症状感染者77例，SARS-CoV-2感染核酸确诊率为36.96%(1 277/3 455)。所有诊断类型标本中，鼻拭子、痰液和咽拭子的SARS-CoV-2核酸检测阳性率分别为19.38%、28.59%、23.53%，差异有统计学意义(χ2＝15.896，P<0.01)。确诊病例的呼吸道标本SARS-CoV-2核酸检测阳性率为63.10%。鼻拭子、痰液和咽拭子的核酸阳性率分别为50.80%、58.71%、65.21%，差异有统计学意义(χ2＝18.612，P<0.01)。所有诊断类型发病后当天、1周、2周、3周、4周和5周及5周以上呼吸道标本SARS-CoV-2核酸检测阳性率依次为43.51%、23.98%、22.82%、12.17%、14.46%、13.21%，在确诊病例中的阳性率依次为89.03%、86.57%、52.30%、17.53%、17.69%和24.14%。结论实时荧光RT-PCR方法检测SARS-CoV-2核酸是最有效的早期病原学诊断方式，COVID-19发病后1周内核酸检出率最高，核酸检出时间最晚是发病后38 d。

简介：摘要目的了解2005—2020年河南省细菌性痢疾两次及以上发病病例的流行特征。方法通过中国疾病预防控制中心疾病监测信息报告管理系统收集2005年1月至2020年12月河南省细菌性痢疾报告病例（包括确诊病例和临床诊断病例），主要信息包括性别、年龄、家庭住址、发病日期和诊断日期等，将同一病例两次发病时间间隔在15 d以上判定为两次发病。对2005—2020年河南省细菌性痢疾两次及以上发病患者的发病特征进行分析，同时采用ArcGIS软件绘制病例地区分布图。结果2005—2020年河南省累计报告细菌性痢疾病例250 430例，累积发病率为228.66/10万。两次及以上发病病例共计2 342例；细菌性痢疾病例中两次及以上发病病例的发生率逐年升高（趋势χ2=2 932.28，P<0.001）；不同性别两次及以上发病病例的发生率差异无统计学意义（χ2=0.39，P=0.540）；不同年龄组间的发生率差异有统计学意义（χ2=438.40，P<0.001），60~69岁年龄组两次及以上发病的发生率较高（1.70%）；病例发病时间间隔最短为16 d，最长为5 579 d，M（Q1，Q3）为428（237，843）d。与健康人群相比，有细菌性痢疾患病史的人群再次罹患细菌性痢疾的风险更高（RR：4.12，95%CI：3.95~4.29）。结论2005—2020年河南省两次及以上细菌性痢疾发病病例呈逐年增加的趋势，且存在年龄差异。