简介：摘要目的对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序，分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序，运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435），差异有统计学意义（χ2=8.43，P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%，665/2 641），各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现，不同标本来源的毒株高度同源，亲缘关系相近，属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点，进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支，Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ，Group 2分支为2个流行期过度的进化分支，流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来，且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下，Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变，导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区，Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁，Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异，抗原位点变异逐渐累积，进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。

简介：摘要目的比较2008年和2018年广州市1~59岁人群乙型肝炎（乙肝）血清流行病学调查结果。方法采用二阶段整群抽样法，于2008年和2018年在广州市随机抽取1~59岁常住人口进行乙肝血清流行病学调查。结果2008年调查1~59岁人群4 989名，2018年3 980名。2018年1~59岁人群HBsAg阳性率为9.50%（95%CI：7.34%~11.66%），较2008年（12.45%，95%CI：10.58%~14.33%）略有下降，差异无统计学意义（χ2=18.302，P=0.075）；下降主要为7~16岁人群，2018年HBsAg阳性率为0.88%（95%CI：0.35%~1.42%），较2008年（4.54%，95%CI：2.71%~6.36%）下降80.62%，差异有统计学意义（χ2=34.144，P=0.000）。2018年1~59岁人群抗-HBs阳性率为72.30%（95%CI：69.56%~75.04%），较2008年（64.93%，95%CI：61.65%~68.22%）升高11.35%，差异有统计学意义（χ2=51.618，P=0.001）；升高主要为17~59岁人群，2018年抗-HBs阳性率为71.93%（95%CI：68.90%~74.96%），较2008年（63.77%，95%CI：60.16%~67.37%）升高12.80%，差异有统计学意义（χ2=28.422，P=0.001）。2018年1~59岁人群HBV感染率为48.10%（95%CI：43.20%~53.00%），较2008年（62.27%，95%CI：59.11%~65.44%）下降22.76%，差异有统计学意义（χ2=167.138，P=0.000）；其中1~、7~和17~59岁人群HBV感染率分别为4.58%、5.13%和56.56%（降幅分别为81.83%、85.91%和18.47%），高流行区域人群HBV感染率为48.87%（降幅24.70%），有乙肝疫苗接种史人群HBV感染率为28.81%（降幅38.75%）。结论自2008年以来，广州市乙肝防控效果显著，儿童HBV感染率达到WHO消除乙肝2020年的目标，但仍属于高流行区，降低乙肝死亡率的目标任务相当艰巨，需继续做好新生儿乙肝疫苗接种工作和成年人的监测筛查工作。

简介：摘要目的基于广州市新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集性疫情，分析新型冠状病毒的传染力和续发率，为COVID-19疫情防控的策略提供参考依据。方法对广州市COVID-19（确诊病例和无症状感染者）区分输入病例和本地病例，选择聚集性疫情首发病例为指示病例，以最短潜伏期1~3 d分别评估传染力和续发率。结果截至2020年2月18日，广州市共报告新型冠状病毒感染病例349例，其中，确诊病例339例（占97.13%），无症状感染者10例（占2.87%）。共报告聚集性疫情68起，涉及新型冠状病毒感染病例217例（确诊病例210例，无症状感染者7例）。每起聚集性疫情的新型冠状病毒感染例数中位数为3例，确诊病例数中位数为2例，无症状感染者数中位数为1例。最短潜伏期1~3 d的传染力平均值为2.18（即每起聚集性疫情中每个病例平均传染2.18人），家庭成员传染力平均值为1.86，家庭成员传染力比例为85.32%（1.86/2.18）。最短潜伏期为1~3 d的全部密切接触者续发率为17.12%~18.99%，其中，家庭成员续发率为46.11%~49.56%。结论广州市COVID-19聚集性疫情以家庭聚集性为主，传染力强，加强防控措施可有效控制社区传播。

简介：摘要新型冠状病毒肺炎疫情自发生以来，在全国乃至全球迅速蔓延。广州作为一线城市，人口流动性大，防控形势严峻复杂。广州市疾病预防控制中心联合腾讯、阿里云两大科技公司，充分利用其人工智能技术，在病例传播链条分析、密切接触者等重点人员管理、一线工作人员防控技能培训和便民服务等方面开展了一系列实践。通过人工智能在不同场景下的应用，解决了防控工作中面临的困难和挑战，为疫情防控提速。

简介：摘要目的分析2019年广州市登革热流行情况，评估登革病毒4种血清型对流行的影响。方法在传染病报告信息管理系统中收集2019年广州市登革热确诊病例信息，使用ArcGIS 10.2软件进行空间自相关性和聚集性分析，使用荧光定量PCR对血清标本进行核酸检测，将结果为阳性的血清标本进行病毒分离并测定E基因序列，用PhyML 3.1软件绘制基因进化树并分析。结果2019年广州市共报告登革热确诊病例1 655例，发病率11.10/10万，本地病例1 382例，输入病例273例，发病具有空间聚集性，发现18个高-高聚集性街道，输入病例来源以东南亚国家（86.08%，235/273）和非洲国家（2.56%，7/273）为主。荧光定量PCR检测确诊病例血清标本749例，阳性率93.06%（697/749），分离毒株464株。同往年基因树相比，登革病毒未发现基因型的转换。登革病毒血清型1型仍然是广州市的优势毒株，血清型2型主要在白云区和荔湾区流行。结论2019年广州市登革热疫情累及全市，范围向城乡接合部扩大和转移，应进一步重视城乡接合部的防控工作。加强来自东南亚和非洲国家的国境检疫。登革病毒血清型2型的流行和聚集性暴发风险不容忽视。多种血清型在广州市同时出现，提示需预防重症登革热的暴发和流行。

简介：摘要目的分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征，为禽流感的防控提供依据。方法对2014－2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况，随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序，应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果2014－2019年监测的52 284份环境标本中，检出H5亚型阳性标本1 094份，阳性率为2.09%。遗传进化分析显示，HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支，NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支，HA和NA基因的进化以时间聚类为特点，相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示，48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点，受体结合位点仍为禽源受体，但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区，并表现时间分布的特点，同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行，且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示，广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒，并且持续进化和变异，特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变，需加强监测。

简介：摘要目的通过对广州市2003年重症急性呼吸综合征（SARS）疫情以及2020年新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情病例流行病学、临床特征等关键指标对比分析，探讨2种疾病的流行特征、相关指标异同的原因，为疫情防控提供参考。方法收集2种传染病在广州市流行期间确诊病例的一般情况、临床分类、活动史、接触史、家庭成员接触及发病情况，对2种疾病的时间特征、职业特征、年龄特征以及其他关键指标进行描述性分析，分析指标包括发病数、构成比（%）、均数、中位数、粗病死率等。结果SARS纳入研究1 072例，报告重症353例，发生率为30.13%；报告死亡43例，病死率为4.01%；平均年龄38岁；医务人员病例占26.31%；从首次报告到持续零报间隔129 d。COVID-19纳入研究346例，报告重症病例58例，发生率为16.76%；报告死亡1例，病死率为0.29%；平均年龄46岁，未发生医务人员院感事件；从首次报告到持续零报间隔35 d。结论广州市对COVID-19的防控效果优于SARS，应急响应的措施值得评价和总结。

简介：摘要目的本研究旨在估计广州市2起由新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株（BA.2）引起的本地疫情的潜伏期、序列间隔和基本再生数（R0）等流行病学参数，探索不同场所聚集性对R0的影响，为奥密克戎变异株疫情防控提供科学依据。方法收集2022年4-5月广州市2起新冠病毒奥密克戎变异株本地疫情病例数据，使用Weibull、Gamma和lognormal分布对奥密克戎变异株本地疫情的潜伏期、序列间隔分布进行估计，采用指数增长法和极大似然法估计R0。结果两起疫情中位潜伏期为2.94（95%CI：2.52~3.38）d；中位序列间隔为3.32（95%CI：2.89~3.81）d。小型场所聚集性疫情R0为4.40（95%CI：3.95~4.85），机场聚集性疫情R0为11.35（95%CI：11.02~11.67）。结论广州市2起由新冠病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情潜伏期较德尔塔变异株明显缩短。场所聚集程度越高，R0越大，传播速度越快，易呈现暴发疫情，应及时调整防控策略。