简介:摘要目的获得我国隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult HBV infection,OBI)人群中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基本核心启动子区(basic core promoter,BCP)、前C区和C区序列特征,为进一步阐明该区域与OBI的关系奠定基础。方法收集2016—2018年全国18个省、自治区和直辖市的43家血站实验室,经日常检测后HBV DNA阳性的血浆样本。经实验室确认后HBsAg阳性样本和OBI样本各入组不少于200例,针对HBV BCP/前C区、C区和S区进行半巢式或巢式PCR和Sanger测序及序列分析。结果完成测序417例样本,其中HBsAg阳性样本216例和OBI阳性201例,均为基因型B和C。HBsAg阳性组该区域的突变频率明显高于OBI组。在B基因型中仅发现1个OBI高频突变A1896G,在C基因型中发现T1762A/A1764G、T1803A/G、A1986G、T1866A(D22E)等OBI高频突变。在C基因型中发现的前C区ε-反式作用元件区域(1 847-1 907 nt)突变G1888T可能会改变前基因组RNA的茎环结构,从而影响其的转录。此外,还在OBI组首次发现了BCP区1 756-1 775 nt缺失突变,可能会直接影响HBsAg和HBeAg的表达,从而导致OBI的发生。结论本研究深入分析了我国OBI献血者中BCP区、前C区、C区的序列基本特征,发现HBsAg阳性组该区域突变频率显著高于OBI组,TA缺失突变和G1888T可能会导致OBI的发生。
简介:摘要目的评估新型冠状病毒(2019-nCoV)样本混采对提取、扩增步骤的影响。方法取10只阴性咽拭子储存在6 ml病毒保存液中,充分混匀后1∶2、1∶10稀释,加入灭活2019-nCoV病毒培养液,以模拟10混1、5混1和单人份检测。使用a、b、c 3种提取方式和体系不同的核酸提取试剂及A~E 5种模板上样量和检测灵敏度不同的扩增试剂分别进行提取和扩增。结果对于相同的模拟混采样本,a提取的模板比b、c提取的模板检测循环阈值(Ct)分别提前2.10±0.47和3.46±0.62;扩增相同的混采核酸模板,A试剂的N基因Ct值比B试剂提前1.16±0.48,ORF1ab基因Ct提前2.36±0.54。扩增体系中加入10拭子核酸使A试剂检测Ct值滞后1.36±0.32,对B试剂无影响。使用a试剂提取,10混1混采后,C、D、E试剂的扩增Ct值比检测单拭子样本高1.66±0.39。对于400拷贝/ml的10混1样本,C、E试剂均可检出,D试剂的N基因漏检。结论混采引入的大量人基因组DNA干扰提取和扩增效率。在加大样本提取体积、提高提取试剂性能的同时,应选择大模板量上样、检测灵敏度高的扩增试剂,方可提高系统灵敏度和结果稳定性,大大降低漏检风险。