简介：摘要目的探讨N6-甲基腺苷(m6A)修饰与非小细胞肺癌(NSCLC)淋巴结转移的相关性。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载NSCLC患者的转录组测序数据，共包含1 037例原发肺癌组织样本和108例癌旁组织样本。分析参与m6A修饰过程的调控蛋白在肿瘤组织和癌旁正常组织样本中表达水平的差异，利用加权基因共表达分析(WGCNA)算法识别与m6A调控因子存在共表达关系的信使RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)并根据RNA的表达模式对NSCLC患者进行共识聚类。采用t检验比较聚类亚组间m6A甲基化丰度的差异，采用χ2检验比较组间淋巴结转移发生率的差异。结果共纳入20个m6A调控因子，肿瘤组织中15个调控因子的表达水平显著上调[甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、YTH结构域蛋白1(YTHDC1)、YTH结构域结合蛋白1-3(YTHDF1-3)、异质核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)和HNRNPC、ALK B同源物5(ALKBH5)等]，3个调控因子显著下调[M0ETTL14、含锌指CCCH结构域蛋白13(Zc3h13)、脂肪和肥胖相关蛋白(FTO)]，差异有统计学意义(P<0.05)，YTHDC2和METTL16差异无统计学意义。通过WGCNA算法识别出454个与调控因子存在共表达关系的mRNAs和400个ncRNAs[325个长链非编码RNAs(lncRNAs)、23个微小RNAs(miRNAs)、28个核仁小RNAs(snoRNAs)、24个核内小RNAs(snRNAs)]。根据854个RNAs的表达模式进行共识聚类，将NSCLC患者分为2个聚类亚组(聚类1和聚类2)。WT1相关蛋白WTAP(t＝14.322，P<0.01)和HNRNPC(t＝15.424，P<0.01)等11个调控因子的表达水平在聚类1中均显著上调，其他9个调节因子在聚类亚组间差异无统计学意义，聚类1患者具有较高的m6A甲基化丰度。聚类1患者淋巴结转移发生率38.16%(292/765)明显高于聚类2组的22.27%(55/247)，差异有统计学意义(χ2＝19.487，P<0.01)。结论通过m6A甲基化与非小细胞肺癌淋巴结转移的相关分析，有助于探讨肺癌淋巴结转移相关机制。

简介：摘要目的探讨非红细胞血影蛋白-β2(SPTBN2)在肺腺癌(LUAD)组织中的表达水平及其对肺腺癌细胞体外迁移、增殖、侵袭的影响。方法通过基因表达数据库(GEO)下载的3个肺腺癌数据集验证SPTBN2在肺腺癌与正常肺组织中的差异表达。通过癌症基因组图谱(TCGA)分析SPTBN2在肺腺癌(LUAD)患者的预后中所起到的作用。收集2019年7月至2020年9月在郑州大学第一附属医院胸外科经手术证实为肺腺癌患者40例，收取癌组织标本及相应的癌旁组织标本，采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测肺腺癌组织和癌旁组织中SPTBN2的mRNA表达水平。选择人肺腺癌细胞系A549按实验转染方案随机分组，分为空白(Blank)组、沉默SPTBN2 (si-SPTBN2)阴性对照(NC)组、si-SPTBN2组。采用细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测细胞增殖能力；采用划痕实验及Transwell小室法检测细胞迁移和侵袭能力。计量资料组间比较采用t检验。结果分析GSE10072(t＝7.552，P<0.01)，GSE19188(t＝8.059，P<0.01)和GSE32863(t＝9.196，P<0.01)数据集，SPTBN2在肺腺癌组织中的表达水平明显高于正常肺组织。TCGA数据库KM-PLOTTER生存分析网站进行生物信息学分析，显示SPTBN2高表达是肺腺癌患者预后的危险因素(P<0.01)。实时荧光定量RT-qPCR检测肺腺癌组织中SPTBN2的表达(7.922±0.956)高于正常肺组织(5.726±1.343，t＝3.766，P<0.01)，差异有统计学意义。CCK-8结果显示敲低si-SPTBN2实验组的细胞增殖能力明显低于si-SPTBN2 NC对照组(24 h：0.439±0.011比0.495±0.007，t＝7.974，P<0.01；48 h：0.509±0.022比0.659±0.023，t＝9.577，P<0.01；72 h：0.917±0.033比1.687±0.027，t＝34.320，P<0.01；96 h：1.294±0.749比2.930±0.059，t＝3.660，P<0.01)。划痕实验结果显示，si-SPTBN2的实验组在划痕48 h后相较于对照组迁移距离更短[划痕愈合比：(36.56±3.02)%比(51.94±5.72)%，P<0.01]。Transwell迁移、侵袭实验结果表明，敲低SPTBN2可使肺腺癌细胞的迁移能力显著低于对照组[(362±18)个比(977±25)个，t＝35.750，P<0.01]，侵袭能力显著低于对照组[(152±9)个比(770±34)个，t＝43.920，P<0.01]，差异均有统计学意义。结论SPTBN2在肺腺癌中高表达，与不良预后相关，具有促进肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的作用。

简介：摘要目的分析晚期肺腺癌患者肿瘤细胞异质性，探索肿瘤细胞亚群转录组特性以寻找个体特异的治疗方案。方法从人类肿瘤相关的基因表达汇编(GEO)数据库下载肺腺癌单细胞转录组测序数据芯片编号GSE123902，包含收集于2018年至2019年于纪念斯隆-凯特琳癌症中心手术切除的8例原发肺癌组织，3例脑转移样本，1例骨转移样本，1例肾上腺转移样本。过滤、鉴定并分离肿瘤细胞，对表达数据进行标准化、降维处理并根据表达模式对细胞进行聚类，利用基因差异表达分析，基因集变异分析(GSVA)探索不同肿瘤细胞亚群的表达特性。结果共分离Ⅳ期肺腺癌原发灶肿瘤细胞211个，脑转移灶肿瘤细胞965个，骨转移灶肿瘤细胞659个，肾上腺转移灶肿瘤细胞14个。样本间比较涉及肿瘤血管生成、上皮间充质转化、侵袭转移相关的基因和基因集，例如骨转移组明显上调的波形蛋白(VIM，logFC＝3.185，校正后的P<0.01)，差异有统计学意义；膜微囊蛋白-1(CAV-1，logFC＝2.757,校正后的P<0.01)，差异有统计学意义。单样本分析中，脑转移和骨转移灶中均鉴定出耐药相关细胞亚群，存在多个耐药相关基因上调，包括脑转移细胞亚群中上调的载脂蛋白2(LCN2, logFC＝1.822,校正后的P<0.01)，差异有统计学意义、骨转移细胞亚群中上调的趋化因子1(CXCL1，logFC＝1.604,校正后的P<0.01)，差异有统计学意义。结论通过单细胞转录组分析肿瘤细胞异质性，可为晚期肺腺癌患者寻找个体化治疗方案提供线索。

简介：摘要目的探讨血小板和内皮细胞黏附分子1(PECAM1)表达水平和免疫浸润与肺腺癌预后的关系。方法从基因表达数据库(GEO)下载3个肺腺癌数据集验证PECAM1在肺腺癌与正常肺组织中的差异表达。收集2019年9月至2020年1月郑州大学第一附属医院胸外科的肺腺癌手术标本36例，采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证PECAM1在肺腺癌与正常肺组织中的差异表达。通过免疫组织化学(IHC)染色数据分析人类蛋白质图谱(HPA)数据库中肺腺癌组织与正常肺组织中PECAM1蛋白水平的表达。下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中肺腺癌患者临床数据，利用Kaplan-Meier法分析PECAM1表达与肺腺癌总生存时间的相关性，利用单因素和多因素COX回归分析PECAM1是否可以作为肺腺癌预后分析的独立分子标志物。通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)在肺腺癌样本数据上评估，确定PECAM1表达与免疫浸润之间的相关性，评估PECAM1表达与肿瘤浸润免疫细胞的基因标志物之间的相关性。结果在GSE40791(t＝23.550，P<0.01)、GSE32863(t＝27.960，P<0.01)和GSE75037(t＝23.440，P<0.01)数据集中，PECAM1在肺腺癌中的表达水平明显低于正常组织。同时RT-qPCR验证PECAM1在肺腺癌标本中的表达明显低于对应的正常组织(t＝5.410，P<0.01)。HPA蛋白质表达数据表明肺腺癌组织中未检测到PECAM1的蛋白表达，正常肺组织为中表达。单因素COX回归分析得出PECAM1的表达[风险比(HR)，0.634；95%可信区间(CI)，0.473～0.874，P<0.01]、肿瘤大小(HR，2.295；95%CI，1.554～3.388，P<0.01)、淋巴结转移(HR，2.468；95%CI，1.830～3.328，P<0.01)、远处转移(HR，1.926；95%CI，1.086～3.416，P<0.05)和临床分期(HR，2.446；95%CI，1.778～3.363，P<0.01)都为肺腺癌患者不良预后的预测因素。多因素分析显示，PECAM1的表达(HR，0.704；95%CI，0.518～0.957，P<0.05)可以作为肺腺癌患者预后的独立分子标志物。TIMER数据库分析发现PECAM1的表达与免疫浸润细胞及其标记基因之间明显相关。结论PECAM1基因可以作为候选基因通过免疫浸润影响肺腺癌患者的预后。