简介：摘要目的从基因组水平上探讨尿路致病性大肠埃希菌UPEC132株的耐药性和致病机制。方法采用MIC法测定菌株UPEC132对16种抗菌药物的敏感性，多位点序列分型(MLST)方法对其分型，利用三代测序平台对其进行全基因组测序和组装，并用Prodigal软件预测和数据库筛选进行耐药和毒力基因功能注释，然后收集GenBank上23株UPEC菌株的染色体基因组序列，利用RAxML软件对UPEC132进行系统进化分析并构建系统进化树。结果UPEC132菌株对氨苄青霉素、氨苄青霉素/舒巴坦、四环素、红霉素、氯霉素、头孢唑林耐药，其MLST分型为ST10522型。该株全基因组包括一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列，染色体、质粒P1和P2的序列大小分别为5 234 468 bp、117 139 bp和101 356 bp，鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量分别为50.48%、49.05%和54.04%。该株染色体、质粒P1和P2分别有4 856、140和116个基因。其耐药基因多位于染色体，主要为耐多药外排泵基因簇，P2仅携带β-内酰胺酶基因blaTEM-1和四环素耐药基因tetG。UPEC132毒力基因也位于染色体，主要为菌毛黏附素9种、铁摄取系统5种和分泌性毒素3种。Afa菌毛和Ⅳ型菌毛基因簇分别位于质粒P1和P2上。系统进化树分析显示UPEC132与23株UPEC均不在同一分支。结论UPEC132株的ST10522型为国内外首次报道的大肠埃希菌新ST型，其全基因组遗传信息被全面揭示，耐药性和致病性与其携带的多种耐药基因和毒力基因相关。

简介：摘要目的分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒（CHIKV）的全基因组序列特征与进化，为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸，设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长，然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支，与大部分中国分离株一致，相似性为92.72%~99.86%，在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近（99.74%）。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变，与ECSA基因型一致。此外，天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G，以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论天津CHIKV具备较强毒力，且具备在白纹伊蚊中传播的能力，提示应继续加强对CHIKV的监测。

简介：摘要目的对截至2020年2月18日涉及天津市某百货大楼关联确诊新型冠状病毒肺炎病例流行病学特征进行描述性分析，为制定防控策略提供参考。方法对某百货大楼关联病例进行分析，包括病例特征、时间地区分布、临床表现、流行病学史及传播情况等。结果某百货大楼关联病例40例，占辖区确诊病例数（53例）的75.47%，发病主要分布在≥60岁（35.00%）；职业以农民为主（40.00%）；临床表现主要为发热（95.00%），其次为咳嗽（35.00%），存在腹泻（15.00%），确诊重型比例为32.50%；流行曲线显示发病高峰出现在1月31日。聚集性疫情中涉及一代病例百货大楼员工6例（15.00%）、顾客19例（47.50%），二代密切接触续发病例15例（37.50%）；最早发病员工1月21日发病，潜伏期内有外省市批发市场进货史，有3名员工发病后在岗工作；顾客发病潜伏期平均为6 d，发病就诊间隔7 d。结论此次宝坻百货大楼关联病例为一起新型冠状病毒肺炎聚集性疫情，目前采取防控措施后已取得阶段性效果。