简介:摘要目的研究肿瘤坏死因子α诱导蛋白6(TNFAIP6)基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义,从而探讨其在脑胶质瘤进展中的生物学功能。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中309例脑胶质瘤样本的转录组数据及其临床资料,并应用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库的脑胶质瘤患者(550例)进行验证。应用R软件分析TNFAIP6在不同级别、不同分子分型脑胶质瘤中的表达情况,并应用免疫组织化学检测方法验证TNFAIP6蛋白在不同级别脑胶质瘤中的表达情况。通过Kaplan-Meier生存曲线分析TNFAIP6不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析判断TNFAIP6的表达水平对不同级别脑胶质瘤患者预后的影响。通过Pearson相关性检验分析TNFAIP6与其他基因表达的相关性。通过基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析方法评估TNFAIP6表达相关基因的生物学功能。结果在CGGA和TCGA数据库中,TNFAIP6在世界卫生组织(WHO)分级Ⅱ级、Ⅲ级及Ⅳ级胶质瘤中的表达水平逐渐升高(均P<0.01);通过免疫组织化学染色验证的结果与上述结果一致(P<0.01)。TNFAIP6在WHO不同级别的异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型胶质瘤患者中的表达水平均高于IDH突变型(均P<0.01);TNFAIP6在经典型和间质型胶质瘤患者中的表达水平均高于前神经元型和神经元型(均P<0.01);TNFAIP6在O6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶启动子甲基化胶质瘤患者中的表达水平显著高于非甲基化者(均P<0.01)。在CGGA和TCGA数据库中,TNFAIP6高表达组患者的总生存期均短于低表达组(均P<0.001);多因素Cox回归分析结果显示,病理级别(HR=2.371,95%CI:1.686~3.335)、放疗(HR=0.431,95%CI:0.286~0.651)及TNFAIP6的表达水平(HR=1.305,95%CI:1.041~1.636)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均P<0.05)。CGGA和TCGA数据库中,与TNFAIP6表达呈正相关的基因分别为1 064个和1 954个(r≥0.5,P<0.01)。生物信息学分析结果显示,基因功能主要富集在血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等。结论随着脑胶质瘤病理级别的升高,TNFAIP6的表达水平逐渐升高;TNFAIP6主要参与血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等生物学过程,其可作为脑胶质瘤患者预后的预测因素及潜在的研究和治疗靶点。
简介:摘要目的研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义,进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据,其中数据集1包含325例样本,数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式,并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果在数据集1中,DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调,差异有统计学意义(P<0.001);DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者(P<0.001);DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者(P<0.001);DLL3在O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者(P<0.001);通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调(P<0.01);DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中,DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示,WHO分级(WHO Ⅲ级:HR=2.861,95%CI:1.910~4.287;Ⅳ级:HR=4.655,95%CI:3.010~7.199)、染色体1p/19q共缺失(HR=0.439,95%CI:0.293~0.657)以及DLL3高表达(HR=0.593,95%CI:0.427~0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(|r|≥0.4,P<0.05);生物信息学分析提示,DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。结论随着脑胶质瘤病理学级别的升高,DLL3的表达水平下调;DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关,可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。
简介:摘要目的探讨H3 G34突变型弥漫性半球胶质瘤(DHG-G34)的临床和病理学特征。方法回顾性分析2016年1月至2020年1月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科收治的6例DHG-G34患者的临床资料。6例患者术前均行头颅MRI增强扫描,其中4例行肿瘤切除术,另2例行立体定向活组织检查术。行肿瘤切除术的4例患者术后复查头颅MRI,判断肿瘤的切除程度。对所有患者行电话随访,询问患者术后治疗情况和生存状态。对肿瘤组织标本行HE染色、免疫组织化学染色及基因检测。结果6例患者中位年龄为18岁(14~34岁),男性占优势(5/6);病变均位于大脑半球,呈单灶性(3/6)或多灶性(3/6);增强扫描显示无明显强化(2/6)或轻度不均匀强化(4/6)。行肿瘤切除术的4例患者术后复查头颅MRI,均为次全切除。5例(5/6)患者获得随访,中位随访时间为21个月(16~30个月);术后均同步行放、化疗。至末次随访,3例死亡,2例存活。HE染色的组织学诊断结果为,间变性星形细胞瘤3例(3/6),胶质母细胞瘤3例(3/6);其中表现单一高级别胶质瘤形态的4例(4/6),混有原始神经元成分的2例(2/6)。免疫组织化学染色结果显示,6例患者的肿瘤细胞均弥漫表达突变型H3 G34R、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、H3K27me3,过表达p53,均不表达少突胶质细胞转录因子2(Olig2)和α地中海贫血伴智力低下综合征X连锁(ATRX),而突触素(Syn)局灶性中等强度表达(2/6)。4例行肿瘤切除术的患者基因检查结果显示,均无异柠檬酸脱氢酶(IDH)1/2、端粒酶反转录酶启动子(TERT)C228T/C250T及BRAF-V600E基因突变,其中2例(2/4)存在O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶启动子(MGMT)甲基化。结论DHG-G34多见于大脑半球,可呈多灶性生长,MRI强化不明显;组织病理学具有异质性,但分子病理学改变一致;患者预后差。
简介:摘要目的探讨H3 G34突变型弥漫性半球胶质瘤(DHG-G34)的临床和病理学特征。方法回顾性分析2016年1月至2020年1月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科收治的6例DHG-G34患者的临床资料。6例患者术前均行头颅MRI增强扫描,其中4例行肿瘤切除术,另2例行立体定向活组织检查术。行肿瘤切除术的4例患者术后复查头颅MRI,判断肿瘤的切除程度。对所有患者行电话随访,询问患者术后治疗情况和生存状态。对肿瘤组织标本行HE染色、免疫组织化学染色及基因检测。结果6例患者中位年龄为18岁(14~34岁),男性占优势(5/6);病变均位于大脑半球,呈单灶性(3/6)或多灶性(3/6);增强扫描显示无明显强化(2/6)或轻度不均匀强化(4/6)。行肿瘤切除术的4例患者术后复查头颅MRI,均为次全切除。5例(5/6)患者获得随访,中位随访时间为21个月(16~30个月);术后均同步行放、化疗。至末次随访,3例死亡,2例存活。HE染色的组织学诊断结果为,间变性星形细胞瘤3例(3/6),胶质母细胞瘤3例(3/6);其中表现单一高级别胶质瘤形态的4例(4/6),混有原始神经元成分的2例(2/6)。免疫组织化学染色结果显示,6例患者的肿瘤细胞均弥漫表达突变型H3 G34R、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、H3K27me3,过表达p53,均不表达少突胶质细胞转录因子2(Olig2)和α地中海贫血伴智力低下综合征X连锁(ATRX),而突触素(Syn)局灶性中等强度表达(2/6)。4例行肿瘤切除术的患者基因检查结果显示,均无异柠檬酸脱氢酶(IDH)1/2、端粒酶反转录酶启动子(TERT)C228T/C250T及BRAF-V600E基因突变,其中2例(2/4)存在O6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶启动子(MGMT)甲基化。结论DHG-G34多见于大脑半球,可呈多灶性生长,MRI强化不明显;组织病理学具有异质性,但分子病理学改变一致;患者预后差。
简介:摘要目的研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义,进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据,其中数据集1包含325例样本,数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式,并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果在数据集1中,DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调,差异有统计学意义(P<0.001);DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者(P<0.001);DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者(P<0.001);DLL3在O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者(P<0.001);通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调(P<0.01);DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中,DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示,WHO分级(WHO Ⅲ级:HR=2.861,95%CI:1.910~4.287;Ⅳ级:HR=4.655,95%CI:3.010~7.199)、染色体1p/19q共缺失(HR=0.439,95%CI:0.293~0.657)以及DLL3高表达(HR=0.593,95%CI:0.427~0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(|r|≥0.4,P<0.05);生物信息学分析提示,DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。结论随着脑胶质瘤病理学级别的升高,DLL3的表达水平下调;DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关,可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。
简介:摘要目的研究肿瘤坏死因子α诱导蛋白6(TNFAIP6)基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义,从而探讨其在脑胶质瘤进展中的生物学功能。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中309例脑胶质瘤样本的转录组数据及其临床资料,并应用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库的脑胶质瘤患者(550例)进行验证。应用R软件分析TNFAIP6在不同级别、不同分子分型脑胶质瘤中的表达情况,并应用免疫组织化学检测方法验证TNFAIP6蛋白在不同级别脑胶质瘤中的表达情况。通过Kaplan-Meier生存曲线分析TNFAIP6不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析判断TNFAIP6的表达水平对不同级别脑胶质瘤患者预后的影响。通过Pearson相关性检验分析TNFAIP6与其他基因表达的相关性。通过基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析方法评估TNFAIP6表达相关基因的生物学功能。结果在CGGA和TCGA数据库中,TNFAIP6在世界卫生组织(WHO)分级Ⅱ级、Ⅲ级及Ⅳ级胶质瘤中的表达水平逐渐升高(均P<0.01);通过免疫组织化学染色验证的结果与上述结果一致(P<0.01)。TNFAIP6在WHO不同级别的异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型胶质瘤患者中的表达水平均高于IDH突变型(均P<0.01);TNFAIP6在经典型和间质型胶质瘤患者中的表达水平均高于前神经元型和神经元型(均P<0.01);TNFAIP6在O6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶启动子甲基化胶质瘤患者中的表达水平显著高于非甲基化者(均P<0.01)。在CGGA和TCGA数据库中,TNFAIP6高表达组患者的总生存期均短于低表达组(均P<0.001);多因素Cox回归分析结果显示,病理级别(HR=2.371,95%CI:1.686~3.335)、放疗(HR=0.431,95%CI:0.286~0.651)及TNFAIP6的表达水平(HR=1.305,95%CI:1.041~1.636)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均P<0.05)。CGGA和TCGA数据库中,与TNFAIP6表达呈正相关的基因分别为1 064个和1 954个(r≥0.5,P<0.01)。生物信息学分析结果显示,基因功能主要富集在血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等。结论随着脑胶质瘤病理级别的升高,TNFAIP6的表达水平逐渐升高;TNFAIP6主要参与血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等生物学过程,其可作为脑胶质瘤患者预后的预测因素及潜在的研究和治疗靶点。