简介：摘要目的分析芜湖市2014年首例人感染A(H7N9)禽流感病毒基因组特征。方法患者标本经Real-time RT-PCR检测A(H7N9)核酸阳性后送检中国国家流感中心分离毒株并进行全基因组测序，序列提交GenBank并Blast。运用生物信息学软件DNAStar Lasergene 7.1和MEGA7.0对该病毒基因组进行同源性、关键氨基酸位点突变及系统进化树分析。结果毒株命名为A/Wuhu/1/2014(H7N9)，血凝素(hemagglutinin，HA)系统进化树分析属于W2-4分支，HA裂解位点为PEIPKGR↓G，对比高致病性疫苗株A/Guangdong/17SF003/2016(H7N9)缺失4个氨基酸KRTA插入序列。HA受体结合位点发生T160A、G186V和Q226L突变。神经氨酸酶(neuraminidase，NA)茎区69～73位缺失5个氨基酸QISNT。PB2出现L89V、M535L及E627K突变。PB1 I368V，PA V100A、K356R和S409N，NS1 P42S和N205S，NS2 T48A，M1 N30D和T215A均发生了位点突变。NA未发生E119V、R152K、H274Y和R292K突变，但M2出现了S31N突变。结论A/Wuhu/1/2014(H7N9)毒株来源为禽类，起源于长江三角洲地区，对人类受体有亲和力、不耐NA抑制剂、耐M2离子通道抑制剂以及对哺乳动物毒力和人类的适应性增强，属于低致病性A(H7N9)禽流感病毒。

简介：摘要目的分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本(Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。结果2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

简介：摘要目的分析甘肃省发现的人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法对甘肃省2016年流感样病例中发现并确诊的1例人感染H9N2禽流感病毒病例进行病原学分析，并使用MEGA 7.0等软件解析该毒株全基因组特征。结果该毒株HA、NA、MP、NP、NS、PA、PB1和PB2各个基因片段与甘肃省2014-2019年外环境中分离获得的H9N2禽流感病毒各基因片段高度相似，且均>90%；其HA基因属于BJ/94-like支系，PB2和MP属于G1/97-like支系，PB1、PA、NS和NP基因属于F/98-like支系，MP和PB2与H7N9、H10N8和H5N6亲缘关系较近；氨基酸序列比对发现HA裂解位点呈PSRSSR↓GLF排列，发生H183N和Q226L突变，有7个HA糖基化位点；NA茎部62~64位均缺失ITE 3个氨基酸；M2-31N、NS1-42S、PA-356R和PA-409N突变。结论人感染H9N2禽流感病毒为偶发感染，但甘肃省外环境中分离的H9N2禽流感病毒具有一系列哺乳动物适应性分子标记，提示人群感染风险较高，需多部门加强监测，共同应对流感大流行。

简介：摘要目的分析淮南市2016年2—4月外环境标本中H9N2亚型禽流感病毒基因组特征。方法选取H9N2亚型荧光PCR检测核酸阳性标本(Ct值≤30)，经鸡胚分离培养提取RNA，扩增8个基因节段进行全基因序列测定，分析淮南株各基因节段分子特征，构建进化树进化分析。结果淮南市外环境2株H9N2禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)基因和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因与A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2人源株核苷酸同源性分别为98.2%～98.3%/97.2%～94.9%，氨基酸序列同源性为98.9%～98.8%/99.2%～98.6%，其余6个内源基因与A/Anhui/1/2013/H7N9、A/Anhui/33163/2016/H5N6高度同源；基因进化分析显示，2016年淮南市2株H9N2亚型禽流感毒株为G57基因型，淮南市2株H7N9分离株、安徽人感染A/Anhui/1/2013/H7N9和A/Anhui/33163/2016/H5N6内源基因均为G57-like基因型；HA蛋白受体结合域氨基酸S132D、K138T、T189D、V/A190T、Q226L变异，NA茎区缺失了"TEI"序列，H274Y、R292K、N294S耐药位点未发生变异，PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V，NS1基因P42S，M1基因N30D、T215A，M2基因耐药S31N位点均发生突变。结论淮南市活禽市场H9N2病毒与人感染H9N2安徽株A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2高度同源，处于同一进化分支，均为G57基因型，可提供内源基因与人感染H7N9、H5N6亚型禽流感病毒重组；HA受体结合域氨基酸位点、NA茎区缺失序列、聚合酶活性增加，均加强病毒感染人类的能力，M2离子通道抑制剂(金刚烷烃类)耐药，NA抑制剂(磷酸奥司他韦)仍为敏感药物。

简介：摘要目的建立新型冠状病毒分离和培养方法，为抗新型冠状病毒药物研发和动物实验打下理论基础并提供实验依据，同时探究病毒TCID50与基因拷贝数之间可能存在的数量关系。方法采集本省一例新型冠状病毒感染的肺炎患者的咽拭子标本，将处理后的标本接种于Vero细胞并进行病毒分离，通过qPCR和二代测序鉴定该分离毒株，同时测定该毒株的半数组织细胞感染量（50% tissue culture infection dose，TCID50）。稀释质粒标准品并进行qPCR，建立标准品线性回归曲线，检测不同代次、不同TCID50的病毒基因拷贝数。结果将标本接种于Vero细胞后，24~72 h未发现明显细胞病变效应（Cytopathogenic effect，CPE），96 h细胞出现明显CPE，可判定为+，120 h细胞全部发生病变。结论新型冠状病毒可在Vero细胞系中增殖，并可连续传代；在限定病毒传代次数等条件下，病毒TCID50和病毒基因拷贝数之间存在对应的数量关系，可实现二者间的替换。