简介：摘要目的了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养，通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株，进一步对其VP1区进行序列测定，并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株，共同构建系统进化树，分析CV-A12的VP1区基因特征。结果获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp)，与2018年的云南参考株毒株同源性最高，其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。

简介：摘要目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测，并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析，为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》，对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理，提取病毒RNA后，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别，再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列，Mega5.2软件构建基因进化树，分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本，两地皆以A组肠道病毒为主，B组肠道病毒有少量报告，CVA16居病原谱第一位。其中CVA2 5份，检出率为0.67%(5/749)，为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明，昆明市3株为基因型A，曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%，CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明，两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

简介：摘要目的对2014—2018年云南省文山州手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例进行病原分析，并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6, CV-A6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒，提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP1区全序并测序；按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列，用MEGA5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2 848份标本中分离到581株EV，病毒分离率为20.40%(581/2 848)。581株病毒中CV-A6 74份，占阳性总数的12.74%(74/581)，CV-A16 124份，占21.34%(124/581)，EV-A71 374份，占64.37%(374/581)。其他病毒9份，占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树，排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-A6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析，文山州所有22株均为D3a亚型，其中21株为分支1(cluster 1), 1株为分支2(cluster 2)。结论2014—2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-A6(占12.74%)为主。基因特征分析表明，跟往年全国的情况一样，云南省文山州2014—2018年流行的CV-A6为D3a基因亚型，其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。

简介：摘要目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本，应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定，通过在线分析平台和软件，判断病毒型别，分析病毒突变情况，结合流调内容，推测疫情病毒感染来源。结果12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样，且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株，其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明，有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点，结合流行病学调查内容，提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现，病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外，还具有特有的氨基酸突变位点(如S：E1188D)，其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源，这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次，跟踪监测病毒变异规律，对疫情精准防控具有重要指导意义。